VQG Côn Đảo hiện có 14.000ha đất ngập nước, trong đó có khoảng 2.113ha vùng đất ngập nước mặn ven biển. Hệ động vật rừng Côn Đảo ghi nhận được 144 loài, trong đó lớp thú có 28 loài, chim 69 loài, bò sát 39 loài, lưỡng cư 8 loài.
Hệ sinh thái biển của Côn Đảo cũng đa dạng và phong phú với 1.321 loài sinh vật biển đã thống kê được, trong đó thực vật ngập mặn có đến 23 loài, rong biển 127 loài, cỏ biển 7 loài, phù du thực vật 157 loài, phù du động vật 115 loài, san hô 219 loài, thú và bò sát biển 5 loài...