Trong số đó, có 34 bị cáo bị tạm giam, 21 bị cáo tại ngoại. Có trên 80 luật sư của hơn 60 văn phòng luật sư đăng ký tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo.
Ngoài ra, để chuẩn bị cho phiên tòa, Hội đồng xét xử đã triệu tập gần 60 người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan đến phiên tòa.
Trong vụ án này, 34 bị cáo (đều ở Cục An toàn thực phẩm, Bộ Y tế) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về cùng tội "Nhận hối lộ" (theo quy định tại Điều 354 - Bộ luật Hình sự) gồm 2 cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong (sinh năm 1963) và Trần Việt Nga (sinh năm 1974); 2 cựu Phó Cục trưởng gồm: Nguyễn Hùng Long (sinh năm 1964) và Đỗ Hữu Tuấn (sinh năm 1973).
Lê Hoàng (sinh năm 1973, Phó Cục trưởng Cục Phòng bệnh, Bộ Y tế); Đinh Quang Minh (sinh năm 1974, cựu Giám đốc Trung tâm ứng dụng và đào tạo An toàn thực phẩm); Cao Văn Trung (sinh năm 1967, Trưởng phòng Pháp chế-Thanh tra), Nguyễn Thị Minh Hải (sinh năm 1965, cựu Phó Giám đốc Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Nguyễn Thị Yến (sinh năm 1979, Phó Chánh Văn phòng); Phạm Tuyết Mai (sinh năm 1983, Viên chức Văn phòng Ủy ban Codex Việt Nam, nguyên nhân viên hợp đồng Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Phạm Duy Bình (sinh năm 1986, cựu nhân viên hợp đồng Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Nguyễn Thị Minh (sinh năm 1984, nhân viên hợp đồng Văn phòng; nguyên nhân viên hợp đồng Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Nguyễn Nam Tiến (sinh năm 1984, chuyên viên); Lê Thị Hiên (sinh năm 1982, nhân viên hợp đồng Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Nguyễn Thị Ngọc Hiền (sinh năm 1982, chuyên viên); Trần Mỹ Hằng (sinh năm 1977, chuyên viên Phòng Kế hoạch tài chính).
3 cán bộ thuộc Phòng quản lý tiêu chuẩn và kiểm nghiệm gồm: Nguyễn Thị Phương Lan (sinh năm 1978, Trưởng phòng), Trần Thị Tuyết (sinh năm 1983, chuyên viên), Nguyễn Thị Hải Hà (sinh năm 1976, chuyên viên).
12 cán bộ thuộc Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm gồm: Phạm Văn Hinh (sinh năm 1965, Trưởng phòng Giám sát ngộ độc thực phẩm và Thông tin truyền thông thuộc Cục An toàn thực phẩm, nguyên Trưởng phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm); Lê Mạnh Hùng (sinh năm 1974, Trưởng phòng); Hoàng Thanh Hà (sinh năm 1983, Phó Trưởng phòng); Đinh Cao Cường (sinh năm 1982, chuyên viên Phòng Giám sát ngộ độc thực phẩm và Thông tin truyền thông; nguyên chuyên viên Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm); Lã Thái Bình (sinh năm 1984, Phó Trưởng phòng Phòng Giám sát ngộ độc thực phẩm và Thông tin truyền thông; cựu chuyên viên Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm); Lê Văn Nam (sinh năm 1980, chuyên viên); Nguyễn Thị Thu Quỳnh (sinh năm 1972, chuyên viên); Phạm Hoàng Giang (sinh năm 1984, cựu chuyên viên Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm; chuyên viên Phòng Giám sát ngộ độc thực phẩm và Thông tin truyền thông); Trần Thị Hồng Nhung (sinh năm 1989, chuyên viên Phòng Giám sát ngộ độc thực phẩm và Thông tin truyền thông, cựu chuyên viên Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm); Vũ Huy Long (sinh năm 1973, chuyên viên), Nguyễn Thị Việt Hà (sinh năm 1989, chuyên viên); Trần Thị Lựu (sinh năm 1986, chuyên viên).
Ba cán bộ thuộc Phòng Giám sát ngộ độc thực phẩm và Thông tin truyền thông (Cục An toàn thực phẩm, Bộ Y tế) gồm: Trần Thị Thu Liễu (sinh năm 1970, Phó Trưởng phòng); Phùng Thị Thúy Hà (sinh năm 1980, chuyên viên), Trần Thị Nhài (sinh năm 1967, cựu chuyên viên).
Còn lại 21 bị cáo bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về cùng tội "Đưa hối lộ" (theo quy định tại Điều 364 - Bộ luật Hình sự) gồm: 5 bị cáo thuộc Công ty Cổ phần Dược phẩm Novaco gồm: Phạm Đức Thuận (sinh năm 1984, Chủ tịch Hội đồng quản trị), Nguyễn Quang Hưng (sinh năm 1977, cựu Tổng Giám đốc), Vũ Văn Tọa (sinh năm 1983, Giám đốc Công ty, chi nhánh TP Hồ Chí Minh), Lê Thị Hồng Giang (sinh năm 1994, nhân viên), Tô Phương Ngân (sinh năm 1983, nhân viên). Trần Thị Quỳnh Trang (sinh năm 1992, dược sĩ, trú tại phường Việt Hưng, Hà Nội), Lại Thị Thu Anh (sinh năm 1983, Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Great Health Việt Nam), Nguyễn Thị Vinh (sinh năm 1989, trú tại phường Văn Miếu-Quốc Tử Giám, Hà Nội), Lê Thị Thu Hà (sinh năm 1985, trú tại phường Thanh Xuân, Hà Nội), Phạm Thị Loan (sinh năm 1975, Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm quốc tế Canada Việt Nam), Trần Quang Hải (sinh năm 1987, Giám đốc, đại diện pháp luật Công ty Cổ phần Dịch vụ thực phẩm quốc tế Fosi), Đào Thị Ngọc Ánh (sinh năm 1989, nhân viên Công ty Cổ phần Viện nghiên cứu dược phẩm PA), Lương Thị Lan (sinh năm 1994, trú tại phường Thục Phán, tỉnh Cao Bằng), Nguyễn Thị Huyền (sinh năm 1987, Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn dịch vụ thương mại Minh An và Công ty Trách nhiệm hữu hạn Nhật Nam Group), Nguyễn Thị Tình (sinh năm 1982, Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thanh Thế Việt Nam), Nguyễn Văn Sơn (sinh năm 1988, trú tại phường Đại Mỗ, Hà Nội), Nguyễn Thanh Uyên (sinh năm 1992, trú tại xã Hát Môn, Hà Nội), Đậu Thị Giang (sinh năm 1994, trú tại xã Đại Đồng, tỉnh Nghệ An), Quách Thị Trà My (sinh năm 1992, nhân viên kinh doanh Công ty Trách nhiệm hữu hạn xuất nhập khẩu hóa dược IPM), Mai Văn Thắng (sinh năm 1990, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Sản xuất Thương mại Dịch vụ Thực phẩm Quốc tế Đại An), Nguyễn Việt Anh (sinh năm 1988, cựu Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn Balactan Việt Nam).
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao, Cục An toàn thực phẩm là đơn vị chuyên ngành thuộc Bộ Y tế thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng quản lý nhà nước và tổ chức thực thi trong lĩnh vực an toàn thực phẩm.
Tuy nhiên, trong 7 năm (từ 2018 đến 2025), một số lãnh đạo, chuyên viên của Cục đã lợi dụng các quy định của pháp luật để tạo cơ chế xin-cho, đưa và nhận hối lộ.
Các sai phạm này diễn ra trong quá trình thẩm định cấp Giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm; thẩm định giấy xác nhận nội dung quảng cáo; thẩm định, hậu kiểm, cấp Giấy chứng nhận GMP (Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm đạt yêu cầu Thực hành sản xuất tốt).
Thông qua việc thẩm định xét hồ sơ cấp Giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm, một số cá nhân, doanh nghiệp làm dịch vụ đã thống nhất với chuyên viên của Cục về việc "chi tiền để xong việc." Mỗi hồ sơ có "giá" trung bình từ 5 đến 10 triệu đồng.
Với vai trò là Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế), Nguyễn Thanh Phong đã đồng ý chủ trương cho chuyên viên nhận tiền để giúp đỡ người nộp hồ sơ, song kèm theo đó là cơ chế ăn chia rõ ràng.
Phong bị cáo buộc là đã nhận từ 2,5 đến 3 triệu đồng một bộ hồ sơ; còn lại chia theo các cấp, từ lãnh đạo phòng đến chuyên viên thụ lý.
Viện Kiểm sát kết luận, lợi dụng quyền hạn, bị cáo Phong, Nga cùng 32 cấp dưới đã nhận hối lộ hơn 107 tỷ đồng của 21 bị cáo là cá nhân doanh nghiệp.
Ngoài ra, trong vụ án này, Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao cũng truy tố 21 bị cáo về hành vi đưa hối lộ tổng số 77,4 tỷ đồng. Số tiền đưa hối lộ 27,5 tỷ đồng còn lại đang được Cơ quan Công an tiếp tục điều tra làm rõ.
Nhận hối lộ 200.000 USD, cựu Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bị đề nghị truy tố 
