Tại kỳ họp lần này, căn cứ vào kết quả của phiếu xin ý kiến đại biểu Quốc hội, 4/7 Bộ trưởng được lựa chọn để đăng đàn. Cuối tuần qua, UBTV Quốc hội đã lấy ý kiến đại biểu về dự kiến Bộ trưởng trả lời chất vấn, bao gồm Bộ trưởng các bộ: Kế hoạch và Đầu tư, Tài nguyên và Môi trường, Công an, Giao thông Vận tải, Công Thương, Tổng Thanh tra Chính phủ và Thống đốc Ngân hàng Nhà nước. Trong 7 Bộ trưởng được dự kiến, dựa trên vấn đề bức xúc và ý kiến đại biểu Quốc hội để lựa chọn 4 Bộ trưởng, mỗi Bộ trưởng có một buổi trả lời trực tiếp tại hội trường.
Theo tổng hợp của đoàn thư ký kỳ họp, các nhóm vấn đề dự kiến sẽ chất vấn bao gồm: các vấn đề bức xúc về đất đai (các vụ cưỡng chế đất đai ở Hải Phòng, Hưng Yên, Cần Thơ); hiệu quả hoạt động của các tập đoàn nhà nước (từ thực tiễn vụ Vinashin, Vinalines); nợ xấu trong hệ thống ngân hàng, việc tái cơ cấu ngân hàng; trách nhiệm trong thanh tra, phát hiện và đề xuất xử lý tham nhũng; các bức xúc trong ngành giao thông vận tải, giáo dục... Đặc biệt, một trong các vấn đề được nhiều đại biểu quan tâm là trách nhiệm cá nhân về sai phạm của Vinalines và việc bổ nhiệm ông Dương Chí Dũng, Cục trưởng Cục Hàng Hải. Ngay từ đầu kỳ họp, đây cũng là vấn đề được một số vị đại biểu gửi chất vấn bằng văn bản đến Bộ trưởng Đinh La Thăng.
Tại văn bản trả lời, Bộ trưởng Thăng khẳng định, việc bổ nhiệm ông Dương Chí Dũng là đúng quy trình, quy định. Ông không thừa nhận sai sót và trách nhiệm cá nhân mà chỉ "rút kinh nghiệm là cần chủ động cung cấp thông tin kịp thời cho báo chí và dư luận”. Cách trả lời của Bộ trưởng Đinh La Thăng khiến nhiều đại biểu Quốc hội không đồng tình, cho rằng còn sự né tránh và cho biết sẽ tiến hành chất vấn trực tiếp nếu Bộ trưởng Thăng đăng đàn.
Cũng liên quan bức xúc trong giao thông, nhiều đại biểu Quốc hội gửi chất vấn yêu cầu Bộ trưởng Đinh La Thăng cho biết căn cứ khoa học Bộ này đề xuất thu 3 loại phí, trong khi Bộ còn buông lỏng để công trình đường bộ chất lượng kém, tình trạng tham nhũng, lãng phí trong ngành còn nhiều. Đại biểu Trần Ngọc Vinh (Hải Phòng) cho rằng, chất lượng các công trình giao thông đang là vấn đề lớn, xuống cấp nhanh, ảnh hưởng đến an toàn giao thông, đòi hỏi phải làm rõ trách nhiệm cá nhân trong thi công; việc sử dụng ngân sách nhà nước, vốn đầu tư công vào hạ tầng giao thông... Đại biểu Đinh Xuân Thảo (Hà Nội) thì cho rằng, đã có một số chuyển biến trong giao thông từ khi Bộ trưởng Thăng nhậm chức, song các giải pháp đưa ra đều là tình thế, tức thời. Việc đề xuất thu các loại phí khiến dư luận hết sức bức xúc.
Một số chất vấn đề nghị làm rõ các bức xúc trong quản lý đất đai, thuộc trách nhiệm Bộ Tài nguyên và Môi trường. Ví dụ Nghị quyết 69 về đền bù thu hồi đất khi thực hiện dẫn đến tâm lý so sánh giữa những người nhận đền bù trước và sau nghị định, hay việc Bộ trưởng Tài nguyên và Môi trường hứa đến năm 2010 hoàn thành cấp sổ đỏ cho dân song đến nay chưa thực hiện được.
Đại biểu Trần Ngọc Vinh chất vấn về tái cấu trúc ngân hàng. Ông cho rằng, cả người gửi tiền lẫn doanh nghiệp đi vay đều kêu không được lợi nhiều, trong khi ngân hàng đứng giữa ăn chênh lệch quá lớn. Theo nguyên Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Cao Sĩ Kiêm, việc tái cấu trúc ngân hàng đã đặt ra song các bức xúc ngành Ngân hàng lại chưa được xử lý bao nhiêu.
Đến nay, đã có 85 phiếu chất vấn của 54 đại biểu ở 30 đoàn gửi đến Chủ tịch Quốc hội, Thủ tướng và 19 Bộ trưởng, trưởng ngành. Theo Đề án đổi mới, nâng cao hiệu quả hoạt động Quốc hội, đổi mới chất vấn là việc cần làm ngay. Đề án tiếp tục hoàn thiện thủ tục chất vấn theo nhóm vấn đề, dành toàn bộ thời gian tại hội trường cho việc hỏi và trả lời câu hỏi trực tiếp. UBTV Quốc hội lựa chọn một số nhóm vấn đề bức xúc, nổi cộm mà dư luận xã hội, cử tri và đại biểu Quốc hội quan tâm, dự kiến danh sách những người trả lời chất vấn gửi xin ý kiến các vị đại biểu Quốc hội. Tại phiên chất vấn, sẽ tiến hành chất vấn từng nhóm vấn đề theo hướng đối thoại, tranh luận về từng vấn đề