Các bị can bị truy tố gồm: Lê Văn Dực, trú tại Hoàng Hoa Thám, quận Tây Hồ, Hà Nội, Giám đốc Chi nhánh Công ty TNHH An Phúc tại Hà Nội; Nguyễn Khắc Tùng, trú tại TP Kon Tum, tỉnh Kon Tum, Giám đốc Doanh nghiệp tư nhân Tùng Dương, TP Kon Tum; Lê Văn Bằng, trú tại Dốc Tam Đa, quận Tây Hồ, Hà Nội, nguyên Giám đốc Công ty Thực phẩm miền Bắc; Trần Thị Thanh Hà, trú tại phường Thanh Lương, quận Hai Bà Trưng, Hà Nội, nguyên Kế toán trưởng Công ty Thực phẩm miền Bắc; Lê Thị Thuý Lâm, trú tại Phan Đình Giót, quận Thanh Xuân, Hà Nội, nguyên Trưởng bộ phận kế toán, Trung tâm Xuất nhập khẩu cà phê thuộc Công ty Thực phẩm miền Bắc. Viện KSND tối cao xác định các bị can đã gây thiệt hại cho Nhà nước gần 36 tỉ đồng.
Cụ thể, trong các năm từ 2007 đến năm 2009, Lê Văn Bằng, Giám đốc Trung tâm kinh doanh xuất nhập khẩu cà phê và Giám đốc Công ty Thực phẩm miền Bắc đã trực tiếp ký khống và chỉ đạo cấp dưới ký khống các hợp đồng mua bán hàng trăm tấn nông sản để chuyển tiền thanh toán khống các hợp đồng mua bán khống với doanh nghiệp tư nhân Tùng Dương và công ty cổ phần xuất nhập khẩu nông thổ sản An Bình. Khi thực hiện ký các hợp đồng mua bán gian dối xuất khống hóa đơn GTGT và chuyển tiền thanh toán, Lê Văn Bằng biết rõ các doanh nghiệp này không có cà phê, không có ngô hạt, không có mỳ lát để giao cho Công ty Thực phẩm miền Bắc nhưng không chỉ đạo các bộ phận nghiệp vụ, kế toán thu hồi nợ, không đình chỉ việc ký kết hợp đồng mà liên tiếp ký khống các hợp đồng và chuyển tiền cho Lê Văn Dực (em trai Lê Văn Bằng) qua tài khoản của công ty TNHH An Phúc tại Hà Nội hoặc Công ty Thực phẩm miền Bắc đã gây thiệt hại gần 36 tỉ đồng đối với Công ty Thực phẩm miền Bắc.
Trong vụ án này còn bị can Hồ Minh Hậu, nguyên Giám đốc Công ty An Phúc đã có hành vi cùng Lê Văn Dực chỉ đạo cấp dưới ký khống hợp đồng kinh tế gây thiệt hại cho Công ty Thực phẩm miền Bắc hơn 11 tỉ đồng. Tuy nhiên do Hồ Minh Hậu đã bỏ trốn nên cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã ra quyết định tạm đình chỉ điều tra đối với Hậu, khi nào bắt được sẽ xử lý sau.
Do bị can Hồ Minh Hậu bỏ trốn có hành vi vi phạm pháp luật liên quan đến một số cán bộ của Công ty Thực phẩm miền Bắc là Vũ Việt Hùng (Giám đốc Chi nhánh Thực phẩm miền Bắc tại TP HCM), Nguyễn Thị Minh Nguyệt (Phó giám đốc công ty này) nên các đội tượng trên sẽ xem xét trách nhiệm của các cá nhân liên quan