Theo đó, quy trình hoàn thuế TNCN tự động quy định trình tự, thủ tục các bước để cơ quan thuế thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế TNCN của cá nhân trực tiếp quyết toán thuế có đề nghị hoàn trên tờ khai quyết toán thuế TNCN. Nội dung quy trình hoàn thuế TNCN tự động hướng dẫn các bước: Tạo và tiếp nhận tờ khai quyết toán thuế TNCN gợi ý có đề nghị hoàn của người nộp thuế; giải quyết hoàn thuế TNCN tự động; kiểm soát sau hoàn thuế TNCN.
Tổng cục Thuế nhấn mạnh việc triển khai thực hiện hoàn thuế TNCN tự động là một trong những ứng dụng mới cách làm mới mà ngành Thuế đang đẩy nhanh quá trình ứng dụng trên nền tảng ứng dụng công nghệ thông tin để tạo thuận lợi nhất cho người nộp thuế chủ động thực hiện nghĩa vụ thuế, bởi hoàn thuế TNCN không chỉ là quyền lợi mà còn là trách nhiệm của người nộp thuế.
Theo Quyết định 108, việc hoàn thuế TNCN tự động được triển khai qua 3 bước chính.
Đầu tiên, hệ thống sẽ tổng hợp dữ liệu từ tổ chức trả thu nhập, cá nhân và cơ sở dữ liệu quản lý thuế để tạo tờ khai quyết toán thuế TNCN gợi ý. Người nộp thuế có thể kiểm tra thông tin trên ứng dụng eTax Mobile, xác nhận hoặc chỉnh sửa trước khi gửi hồ sơ.
Tiếp đó, hệ thống sẽ đối chiếu dữ liệu để xác định điều kiện hoàn thuế, kiểm tra số thuế đã nộp và tài khoản nhận tiền hoàn thuế. Nếu đáp ứng đủ điều kiện, hệ thống sẽ tự động lập và ký điện tử quyết định hoàn thuế.
Cuối cùng, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế nhằm đảm bảo tính chính xác và ngăn chặn gian lận thuế.
Theo quy định, hồ sơ hoàn thuế TNCN tự động cần đáp ứng 3 điều kiện quan trọng.
Thứ nhất, tổ chức trả thu nhập phải hoàn thành nghĩa vụ nộp thay tiền thuế TNCN đã khấu trừ hoặc người nộp thuế đã nộp đủ thuế vào ngân sách Nhà nước trong kỳ quyết toán có đề nghị hoàn thuế.
Thứ hai, chỉ tiêu “Tổng thu nhập chịu thuế” và “Tổng số thuế đề nghị hoàn trả” phải khớp đúng với dữ liệu quản lý thuế của ngành thuế tại thời điểm xét duyệt hồ sơ.
Thứ ba, tài khoản nhận tiền hoàn thuế của người nộp thuế phải được xác minh và liên kết với cơ sở dữ liệu quản lý thuế.
Việc triển khai hệ thống hoàn thuế TNCN tự động được đánh giá là bước đột phá trong cải cách hành chính, giúp đơn giản hóa quy trình, rút ngắn thời gian xử lý và giảm áp lực công việc cho cơ quan thuế.
Tuy nhiên, Tổng cục Thuế cũng xác định việc hoàn thuế TNCN tự động được triển khai trên môi trường điện tử và có thể trong thời gian đầu, người nộp thuế sẽ có những điểm chưa quen thuộc. Để khắc phục tình trạng này, Tổng cục Thuế đã giới thiệu một số điểm cơ bản người nộp thuế cần đặc biệt lưu ý trong quá trình thực hiện các bước của quy trình về tạo và tiếp nhận tờ khai quyết toán thuế TNCN; hồ sơ đủ điều kiện được xử lý tự động hoàn thuế TNCN.
Gần 80% số hồ sơ hoàn thuế được hoàn trước, kiểm tra sau 
Chống gian lận hoàn thuế giá trị gia tăng 
