- Tập huấn phòng, chống khủng bố trong lĩnh vực giao thông vận tải
- Bảo đảm an ninh hàng hải, phòng chống khủng bố tại cảng biển
- Thành lập lực lượng cảnh sát đặc nhiệm chống khủng bố mới
Nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo là tham mưu giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan tổ chức, chỉ đạo công tác phòng, chống khủng bố trong lĩnh vực hải quan; phối hợp với Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố, Bộ Tài chính, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Ban Chỉ đạo phòng, chống khủng bố tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; thực hiện nhiệm vụ và quyền hạn khác do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan giao.