Đối với Chương trình MTQG Xây dựng nông thôn mới giai đoạn 2021-2025, kết quả kiểm toán chỉ rõ: Kế hoạch giai đoạn và hàng năm của tỉnh chưa dự kiến mức vốn bố trí, cơ cấu nguồn vốn theo từng hoạt động, tỷ lệ dự án đầu tư thực hiện theo cơ chế đặc thù... theo quy định tại khoản 2 Điều 7 Nghị định số 27/2022/NĐ-CP ngày 19/4/2022 của Chính phủ.
Việc giao kế hoạch vốn cả giai đoạn và năm 2023 của UBND tỉnh cho các huyện, thành phố chưa xác định tỷ lệ đối ứng của ngân sách địa phương (NSĐP) theo quy định; chưa xác định cơ cấu nguồn vốn huy động. Công tác tổng hợp, báo cáo theo định kỳ về kết quả thực hiện chương trình còn chậm, không đầy đủ nội dung, mẫu biểu theo quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Kế hoạch vốn đầu tư ngân sách Trung ương (NSTW) giai đoạn 2021-2025 được giao tại Nghị quyết số 67/NQ-HĐND ngày 08/12/2023 của HĐND tỉnh Lai Châu cho một số dự án thuộc chương trình tại huyện Tam Đường, Than Uyên còn vượt tỷ lệ 70% theo quy định. Việc phân bổ vốn thuộc Chương trình năm 2022, 2023 của HĐND tỉnh cho cấp huyện chưa chi tiết danh mục dự án theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 84 Luật Đầu tư công năm 2019. Huyện Nậm Nhùn và huyện Mường Tè còn phân bổ vốn chưa đúng mục tiêu, đối tượng của chương trình. Một số khoản kinh phí thuộc Chương trình còn tồn, hết nhiệm vụ chi được chuyển nguồn tại ngân sách cấp huyện, ngân sách cấp xã nhưng chưa được nộp trả ngân sách cấp tỉnh theo quy định với số tiền là 3,824 tỷ đồng. Bên cạnh đó, vốn đầu tư nguồn NSTW mới chỉ giải ngân đạt 83% (204,265/246,274 tỷ đồng), trong đó số vốn giao để thực hiện đầu tư phát triển mạng lưới y tế cơ sở hết năm 2023 chưa được phân bổ và giải ngân là 30,592 tỷ đồng, chiếm 72,8% số vốn đầu tư NSTW giao. Vốn sự nghiệp NSTW mới chỉ giải ngân đạt 68% (32,990/48,625 tỷ đồng).
Căn cứ Bộ tiêu chí về xã nông thôn mới và Bộ tiêu chí xã nông thôn mới nâng cao của tỉnh Lai Châu giai đoạn 2021-2025 thì trong 39 xã đến hết năm 2023 báo cáo đạt chuẩn nông thôn mới (đạt 19/19 tiêu chí) có 4 xã thuộc huyện Sìn Hồ mới chỉ đạt 15/19 tiêu chí, 3 xã thuộc huyện Nậm Nhùn chưa đạt đủ 19/19 tiêu chí; số xã đạt dưới 9 tiêu chí còn cao (26/94) trong khi nguồn lực huy động, nhất là nguồn đối ứng NSĐP còn thấp và nhiều xã khó khăn trong việc duy trì các tiêu chí đã đạt được do các công trình hạ tầng liên tục hư hỏng, thu nhập người dân không ổn định... đây là những yếu tố ảnh hưởng đáng kể cho việc đạt được mục tiêu đề ra đến hết giai đoạn 2021-2025.
Đối với Chương trình MTQG phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021-2025, kết quả kiểm toán chỉ rõ: Công tác đánh giá kết quả thực hiện Chương trình hàng năm và giữa kỳ của tỉnh và các huyện còn hạn chế, chưa đầy đủ theo quy định của Ủy ban Dân tộc. Năm 2023, địa phương chưa phân bổ chi tiết 213,962 tỷ đồng kinh phí sự nghiệp cho nội dung hỗ trợ khoán bảo vệ rừng thuộc Tiểu dự án 1, Dự án 3 theo quy định tại khoản 1 Điều 50 Luật NSNN; phân bổ và giao dự toán cho chương trình chưa chi tiết danh mục đến từng dự án. Tại các huyện được kiểm toán chi tiết còn phân bổ và giao dự toán nguồn vốn trung ương chậm, chưa chi tiết, vượt so với nhu cầu... Một số kinh phí nguồn NSTW còn tồn, hết nhiệm vụ chi hoặc không có nhiệm vụ chi tại ngân sách cấp huyện, xã chưa nộp trả ngân sách cấp trên số tiền 63,721 tỷ đồng. Tỷ lệ giải ngân vốn giai đoạn 2022-2023 của địa phương chỉ đạt 65% (185,619/1.820,413 tỷ đồng), cụ thể: Tỷ lệ giải ngân vốn đầu tư là 97% (935,483/969,907 tỷ đồng); tỷ lệ giải ngân vốn sự nghiệp là 29% (250,136/850,506 tỷ đồng). Trong đó, một số dự án có tỷ lệ giải ngân rất thấp như: Dự án 3 "Hỗ trợ phát triển sản xuất theo chuỗi giá trị, vùng trồng dược liệu quý, thúc đẩy khởi sự kinh doanh, khởi nghiệp và thu hút đầu tư vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi", giải ngân chỉ đạt 11% kế hoạch vốn. Dự án 8 "thực hiện bình đẳng giới và giải quyết những vấn đề cấp thiết đối với phụ nữ và trẻ em" giải ngân chỉ đạt 14% kế hoạch vốn… Tuy nhiên, với việc tỷ lệ giải ngân chung toàn Chương trình đến hết năm 2023 mới chỉ đạt 65%, tỷ lệ giải ngân của một số dự án đến nay rất thấp cùng những tồn tại, hạn chế được chỉ ra qua kết quả kiểm toán cho thấy việc hoàn thành các mục tiêu theo kế hoạch đề ra đến hết năm 2025 của địa phương là hết sức khó khăn.
Đối với Chương trình MTQG phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021-2025, KTNN kiến nghị xử lý tài chính 64,364 tỷ đồng (thu hồi, nộp ngân sách các khoản chi đầu tư sai quy định 122,3 triệu đồng; giảm dự toán, giảm thanh toán năm sau các khoản chi đầu tư 408,2 triệu đồng; thu hồi kinh phí thừa, hết nhiệm vụ chi nộp trả ngân sách tỉnh 63,721 tỷ đồng; xử lý tài chính khác 112,6 triệu đồng). Đối với Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới giai đoạn 2021-2025, KTNN kiến nghị xử lý tài chính 5,096 tỷ đồng (thu hồi, nộp ngân sách các khoản chi đầu tư sai quy định 37,2 triệu đồng; giảm dự toán, giảm thanh toán năm sau các khoản chi đầu tư 12,2 triệu đồng; thu hồi kinh phí thừa, hết nhiệm vụ chi, nộp trả ngân sách tỉnh 3,824 tỷ đồng; xử lý tài chính khác 1,222 tỷ đồng).
Vĩnh Phúc: Yên Lạc về đích sớm huyện nông thôn mới nâng cao 
