Trước đó, Cơ quan ANĐT Bộ Công an đã kết thúc điều tra,Võ Thành Danh, nguyên Giám đốc Ngân hàng Phát triển Việt Nam đề nghị truy tố ông (VDB) - Chi nhánh tỉnh Ninh Thuận về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ"; Nguyễn Hải Trung, thành viên Hội đồng quản trị (HĐQT); Trần Hữu Trung, thành viên HĐQT và Phan Tuấn Linh, Chủ tịch HĐQT Công ty Vận tải đường biển Ninh Thuận (Công ty VTĐB Ninh Thuận) về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản". Nhưng theo yêu cầu tố tụng, cần làm rõ hành vi phạm tội của bị can Linh, bị can Danh và những vấn đề liên quan, nên Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đã trả hồ sơ yêu cầu điều tra bổ sung.
Mặc dù biết Nguyễn Hải Trung đang nợ và mất khả năng thanh toán khoảng 100 tỷ đồng là tiền vay của Chi nhánh VDB Ninh Thuận, dự án đóng mới 2 tàu chở dầu 5 nghìn DWT không được UBND tỉnh Ninh Thuận phê duyệt, nhưng ông Võ Thành Danh, nguyên Giám đốc VDB Ninh Thuận vẫn ký Chứng thư bảo lãnh gửi Ngân hàng Thương mại cổ phần Hàng hải - Chi nhánh Nha Trang bảo lãnh cho Công ty VTĐB Ninh Thuận vay vốn thực hiện dự án bất chấp việc Ngân hàng VDB Việt Nam 4 lần yêu cầu hủy chứng thư này. Việc làm của ông Danh đã tạo điều kiện để Nguyễn Hải Trung và đồng bọn ký hợp đồng hợp tác kinh doanh với Công ty cổ phần Bất động sản Vinalines (Vinalines Land), rồi chiếm đoạt 58 tỷ đồng của công ty này.
Quá trình điều tra bổ sung xác định bị can Linh không được hưởng lợi từ số tiền 58 tỷ đồng; nhưng Linh biết rõ hành vi gian dối của Nguyễn Hải Trung, Trần Hữu Trung; biết rõ số tiền trên do Vinalines Land góp vốn để thực hiện dự án đóng tàu đã bị hai bị can này chiếm đoạt nhưng bị can Linh không phản đối, không tố giác hành vi phạm pháp của Trần Hữu Trung và Nguyễn Hải Trung.
Vì vậy, Cơ quan ANĐT Bộ Công an quyết định chuyển tội danh đối với bị can Linh, từ tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản" quy định tại Điều 139 Bộ luật Hình sự sang tội "Không tố giác tội phạm" quy định tại Điều 314 Bộ luật Hình sự.
Cũng liên quan đến khoản tiền 58 tỷ đồng, theo kết luận điều tra bổ sung vẫn xác định bị can Danh về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ", quy định tại Điều 281 Bộ luật Hình sự vì đã ký chứng thư bảo lãnh, tạo điều kiện cho Nguyễn Hải Trung và Trần Hữu Trung lừa đảo. Song bị can Danh không hưởng lợi trực tiếp từ số tiền nêu trên nên không phải chịu trách nhiệm bồi thường