Điểm mới của chương trình năm nay là việc thay đổi Quy chế bình chọn. Theo đó hình thức bình chọn và trao tặng danh hiệu được chuyển thành đánh giá và công nhận danh hiệu Sao Khuê. Ngoài ra, Ban tổ chức cũng không qui định về số lượng trao tặng 3 danh hiệu cho mỗi lĩnh vực như trước.
Các sản phẩm, giải pháp phần mềm và dịch vụ CNTT tham gia được đánh giá, bình chọn theo 4 nhóm là: Các sản phẩm, giải pháp phần mềm thương mại tiêu biểu của VN (xét theo 22 lĩnh vực ứng dụng chuyên ngành); các giải pháp thương mại điện tử tiêu biểu; các dịch vụ CNTT tiêu biểu (xét theo 10 lĩnh vực dịch vụ); các sản phẩm, giải pháp phần mềm mới của Việt Nam 2012 – 2013.
Sản phẩm, dịch vụ tốt nhất được xếp hạng 4 sao và 5 sao sẽ được công nhận danh hiệu Sao Khuê 2013 và giới thiệu trong mục Phần mềm ưu việt trên cổng thông tin www.danhbaict.vn; đồng thời được VINASA ưu tiên quảng bá, giới thiệu, hỗ trợ xúc tiến thương mại trong suốt năm 2013