Theo kết luận thanh tra, Công ty TNHH Môi trường Phú Minh Vina có trụ sở tại xã Trạm Thản, tỉnh Phú Thọ do bà Nguyễn Thị Thúy Hoa làm Tổng Giám đốc, người đại diện theo pháp luật. Trong thời kỳ thanh tra, Công ty TNHH Môi trường Phú Minh Vina hoạt động chủ yếu trong lĩnh vực thu gom, vận chuyển, xử lý và tái chế chất thải gồm chất thải sinh hoạt, chất thải công nghiệp và chất thải nguy hại.
Theo Thanh tra Chính phủ, từ năm 2023 đến hết tháng 3/2026, Công ty TNHH Môi trường Phú Minh Vina đã tiếp nhận, xử lý khoảng 199.294,7 tấn chất thải các loại, gồm hơn 86.000 tấn chất thải nguy hại (chiếm khoảng 43,4% tổng khối lượng).
Qua công tác thanh tra, Thanh tra Chính phủ đã phát hiện 4 nhóm hành vi có dấu hiệu hình sự tại Công ty TNHH Môi trường Phú Minh Vina nên đã chuyển hồ sơ, kiến nghị Bộ Công an và Công an tỉnh Phú Thọ xem xét khởi tố, xử lý theo thẩm quyền và quy định của pháp luật.
Theo đó, tháng 7/2025, Công ty Phú Minh Vina ký hợp đồng “Thuê và bàn giao phương tiện vận chuyển” với Công ty TNHH Thương mại và dịch vụ vận tải Đức Minh Khôi (gọi tắt là Công ty Đức Minh Khôi).
Tính đến ngày 28/6/2026, Công ty Đức Minh Khôi đã vận chuyển khoảng 12.318 tấn chất thải (533 chuyến xe) từ nhà máy của Công ty Phú Minh Vina đổ trái phép trên địa bàn TP Hà Nội và tỉnh Phú Thọ, có dấu hiệu của “Tội gây ô nhiễm môi trường” theo quy định tại Điều 235 Bộ luật Hình sự.
Từ năm 2023 đến ngày 25/6/2026, Công ty Phú Minh Vina ký 4 hợp đồng với Công ty Cổ phần Xử lý chất thải Phú Thọ để vận chuyển, xử lý tro xỉ lò đốt và chất thải rắn công nghiệp thông thường; tổng khối lượng theo sổ sách khoảng 10.582,8 tấn. Kết quả phân tích mẫu tại ô chôn lấp bãi rác đều có tổng dầu mỡ khoáng vượt ngưỡng chất thải nguy hại theo quy chuẩn kỹ thuật môi trường. Theo Thanh tra Chính phủ, hành vi này cũng có dấu hiệu của "Tội gây ô nhiễm môi trường" theo quy định tại Điều 235 Bộ luật Hình sự.
Bên cạnh đó, Thanh tra Chính phủ cũng phát hiện từ ngày 8/1/2025 đến ngày 26/6/2026, Công ty Phú Minh Vina vận chuyển từ nhà máy khoảng 118,2 tấn chất thải nguy hại ra môi trường không đúng quy định.
Từ tháng 6/2025 đến ngày 29/6/2026, xe ô tô biển kiểm soát 29E-04314 vận chuyển khoảng 1.041,8 tấn chất thải đã tiếp nhận từ 57 chủ nguồn thải, trong đó có khoảng 573,1 tấn chất thải nguy hại nhưng không đưa về nhà máy để xử lý. Tổng khối lượng của cả 2 nhóm là 1.160 tấn, trong đó có 69,3 tấn chất thải nguy hại. Hành vi trên có dấu hiệu của “Tội vi phạm quy định về quản lý chất thải nguy hại" quy định tại Điều 236 Bộ luật Hình sự.
Đáng chú ý, thời điểm kiểm tra ngày 6/7/2026, Công ty Phú Minh Vina sử dụng đồng thời 2 phần mềm kế toán. Một phần mềm để kê khai thuế với nhà nước. Một phần mềm hạch toán kết quả kinh doanh thực tế, bỏ ngoài sổ sách hơn 8,4 tỉ đồng tiền mặt. Hành vi này có dấu hiệu của “Tội vi phạm quy định về kế toán" và "Tội trốn thuế" quy định tại Điều 200 Bộ luật Hình sự.
Ngoài ra, tại kết luận, Thanh tra Chính phủ cũng phát hiện hàng loạt vi phạm hành chính tại Công ty Phú Minh Vina liên quan đến hành vi thu gom, xử lý chất thải không phù hợp với công suất được cấp phép; sử dụng thiết bị chuyên dụng, phương tiện xử lý chất thải nguy hại không có trong giấy phép môi trường; lập báo cáo công tác bảo vệ môi trường không đúng về khối lượng chất thải nguy hại đã thu gom, tiếp nhận, xử lý.