Đánh giá về công tác hoạt động của các cơ quan từ năm 2006 đến nay, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân nhận định, bốn cơ quan đã phát huy được quyền tự chủ cao trong công tác; chủ động xây dựng thành công mô hình các đơn vị sự nghiệp khoa học công nghệ và giáo dục đào tạo với hệ thống tổ chức nghiên cứu khoa học và đào tạo đa dạng; thực hiện sự liên thông liên kết, phát huy tính sáng tạo tự chủ, đồng thời đáp ứng kịp thời yêu cầu nghiên cứu khoa học - đào tạo chất lượng và trình độ cao, phục vụ nhu cầu xã hội.
Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân khẳng định việc đầu tư cho bốn cơ quan trụ cột là việc làm trọng điểm trong giai đoạn phát triển sắp tới. Các cơ quan cần xác định phương pháp xây dựng kế hoạch phát triển, đặc biệt cần gắn bó chặt chẽ với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Giáo dục và Đào tạo. Phó Thủ tướng yêu cầu các cơ quan phối hợp với các Bộ thực hiện kế hoạch rút gọn trong giai đoạn từ năm 2013 - 2015 để cân đối nhu cầu và phân loại tính khả thi. Bộ Khoa học và Công nghệ và Bộ Giáo dục và Đào tạo cần có trách nhiệm đóng góp ý kiến với Bộ Kế hoạch và Đầu tư trong việc xây dựng kế hoạch này để trình Quốc hội phê duyệt trong thời gian sắp tới.
Tại hội nghị, bốn cơ quan đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho phép thực hiện đầy đủ quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cao, phù hợp với địa vị pháp lý, sứ mệnh và nhiệm vụ của Chính phủ giao phó như: thử nghiệm giao và kiểm soát tài chính theo sản phẩm, theo hợp đồng làm ra sản phẩm đào tạo và khoa học công nghệ; xây dựng những trung tâm nghiên cứu xuất sắc để tạo ra những sản phẩm đỉnh cao...
Hiện nay, do cơ cấu đầu tư tài chính còn dàn trải, phân tán, không đồng bộ; cơ chế quản lý tài chính còn cứng nhắc, mang nặng tính hành chính, bó hẹp quyền tự chủ nên bốn cơ quan trụ cột về khoa học công nghệ và giáo dục đào tạo chưa có nhiều đơn đặt hàng để giải quyết những bài toán lớn của đất nước...
