Thực tiễn đã có một số đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện đổi mới thành công dưới nhiều hình thức và mức độ khác nhau đặt ra yêu cầu được phát huy, nhân rộng trong khi chính sách còn nhiều bất cập, chưa theo kịp.
Vì lý do trên cần phải quy định các điều kiện để vừa khuyến khích vừa thúc đẩy các đơn vị sự nghiệp công thực hiện tự chủ, trong đó thể hiện rõ hơn các quy định nhằm thúc đẩy các đơn vị phải tự sắp xếp lại để đáp ứng yêu cầu chuyển sang tự chủ (quản lý chặt các đơn vị chưa thực hiện tự chủ; thực hiện phân loại các đơn vị sự nghiệp công để có lộ trình giảm dần kinh phí Nhà nước cấp đối với số đơn vị sự nghiệp công lập không cần thiết duy trì,...).
Do đó, Phó Thủ tướng lưu ý, đây là Nghị định khung nên quy định cần mang tính nguyên tắc chung, định hướng để trên cơ sở đó các Bộ quản lý chuyên ngành quy định cụ thể trong các Nghị định chuyên ngành.
Về tự chủ, Phó Thủ tướng yêu cầu tập trung vào 3 nội dung tự chủ về thực hiện nhiệm vụ; tự chủ về tổ chức bộ máy, nhân lực và tự chủ về tài chính. Các đơn vị tự chủ cao thì được giao quyền tự chủ cao trong quyết định tiền lương và thu nhập; khuyến khích phân phối thu nhập gắn với hiệu quả, năng suất, chất lượng thực hiện nhiệm vụ.
Đối với cơ chế tài chính, Phó Thủ tướng yêu cầu thực hiện chuyển đổi dần cơ chế cấp phát ngân sách đối với các đơn vị sự nghiệp công lập (không chỉ áp dụng đối với các đơn vị thực hiện tự chủ) gắn với danh mục, giá; có cơ chế tín dụng mở, tạo điều kiện cho các đơn vị được quyền đi vay; đơn vị tự chủ cao được vay vốn ngân hàng, Nhà nước có thể xem xét hỗ trợ lãi suất (kể cả tín dụng thương mại) nếu đơn vị có phương án tín dụng, phương án hoạt động tốt.
Đồng thời khuyến khích cho phép các đơn vị sự nghiệp công lập được mở tài khoản tại các ngân hàng thương mại để gửi các nguồn thu dịch vụ của đơn vị. Phó Thủ tướng giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Nội vụ và các cơ quan liên quan hoàn thiện dự thảo Nghị định, thực hiện các trình tự, thủ tục theo quy định và trình Chính phủ dự thảo Nghị định trong kỳ họp Chính phủ thường kỳ tháng 10 tới
