Ngôi đền Thần đạo này được xây theo lệnh Minh Trị Thiên hoàng vào tháng 6/1869 để tưởng niệm những người đã ngã xuống trong cuộc chiến Boshin. Thoạt đầu được đặt tên Tokyo Shokonsha, sau đó ngôi đền được đổi thành Yasukuni Jinja năm 1879. Từ đó, Yasukuni trở thành nơi tổ chức nghi lễ cũng như thờ cúng vong hồn những người đã hy sinh cho nước Nhật.
Sau Thế chiến II vào tháng 9/1945, lực lượng chiếm đóng nước ngoài dưới sự cầm trịch của Mỹ đã quy định Yasukuni trở thành một thể chế thế tục thuộc quản lý nhà nước hoặc một bộ phận tôn giáo không thuộc giám sát nhà nước. Yasukuni chọn phương án hai. Từ đó, chỉ tư nhân mới được phép góp quỹ cúng dường cho Yasukuni.
Yasukuni có một viện bảo tàng lịch sử Nhật, ca ngợi những người lính đã hy sinh cho đất nước và dân tộc. Website tiếng Anh của Yasukuni còn viết: “Giấc mơ Nhật trong việc xây một Đại Đông Á là cần thiết trong kiến tạo lịch sử và điều đó cũng được nhiều quốc gia châu Á theo đuổi”. Website tiếng Nhật của Yasukuni nhấn mạnh “những phụ nữ "giúp vui" đã không bị ép buộc phục vụ bởi đế quốc Nhật. Người Triều Tiên không bị ép buộc thay đổi họ tên theo tên tiếng Nhật” (điều này trong thực tế không đúng).
Ngoài ra, Yasukuni cũng nhắc đến nhiều cuộc thảm sát của lực lượng Đồng minh, chẳng hạn làm đắm tàu hàng hóa Tsushima Maru khiến hơn 1.500 người chết trong đó có 700 trẻ em tiểu học. Đoạn băng hình tài liệu trình chiếu cho khách thăm Yasukuni miêu tả việc Nhật chinh phục Đông Á thời trước Thế chiến II chỉ là nỗ lực nhằm cứu Đông Á thoát sự đe dọa từ các cường quốc phương Tây.
Khoảng 1.000 tù binh chiến tranh bị hành quyết do những tội ác chiến tranh thời Thế chiến II đang được thờ cúng tại Yasukuni. Điều này không mang tính nhạy cảm chính trị và gây sốc cho các láng giềng châu Á. Thậm chí, ngày 17/10/1978, 14 tội phạm chiến tranh loại A - theo phán xét và kết luận của Tòa án Quân sự quốc tế Viễn Đông - được bí mật đưa vào Yasukuni và được phong là “những người ái quốc tử vì nước”.
Trong 14 nhân vật trên, có Thủ tướng Hideki Tojo (1941-1944) bị treo cổ. Các tội phạm chiến tranh đã bị xử như sau: Bằng hình thức treo cổ (Itagaki Seishiro, Heitaro Kimura, Kenji Doihara, Iwane Matsui, Akira Muto, Koki Hirota); bằng hình phạt tù chung thân (Yoshijiro Umezu, Kuniaki Koiso, Kiichiro Hiranuma, Toshio Shiratori); bằng hình phạt 20 năm tù (Shigenori Togo).
Trên một tài liệu, Yasukuni ghi: “Khoảng 1.068 người Nhật, bị kết án sai như những tội phạm chiến tranh bởi Tòa án Đồng minh, đã được thờ tại đây”. Website tiếng Anh của Yasukuni viết rằng, 1.068 người này là những nạn nhân “bị xử thô bạo và không công bằng với quy kết tội phạm chiến tranh bởi một tòa án đạo đức giả của lực lượng Đồng minh”.
Khi vụ 14 tội phạm chiến tranh được đưa vào Yasukuni bị tiết lộ ngày 19/4/1979, đã diễn ra phản ứng dữ dội tại Trung Quốc, Hàn Quốc, Đài Loan,... Và cũng chính căn nguyên này đã dẫn đến sự phản đối gay gắt từ các láng giềng châu Á mỗi khi viên chức Quốc hội hoặc Thủ tướng Nhật đến viếng Yasukuni.
Sau vụ rùm beng năm 1979, Nhật hoàng Hirohito ngưng đến thăm Yasukuni (trở thành tiền lệ trong nguyên tắc hành xử của Hoàng gia Nhật đến tận nay). Tuy nhiên, không ít người tiếp tục ủng hộ việc viếng thăm Yasukuni, trong đó có Thống đốc Tokyo Shintaro Ishihara. Ngày 15/8/2004, Shintaro Ishihara công khai bày tỏ lời thỉnh cầu Nhật hoàng Akihito đến Yasukuni. Tính đến nay, có 3 thủ tướng Nhật đã đến Yasukuni: đó là Yasuhiro Nakasone năm 1985, Ryutaro Hashimoto năm 1996 và Junichiro Koizumi.
Trong chuyến kinh lý Nhật lần đầu tiên kể từ khi rời ghế tổng thống vào tháng 2/2003, cựu Tổng thống Hàn Quốc Kim Dae-jung đã chỉ trích công khai việc giới chức cấp cao Nhật đến Yasukuni. Và ông đề nghị 14 tội phạm chiến tranh loại A được thờ tại Yasukuni phải được chuyển đến nơi khác, Kim Dae-jung nhắc lại chính Junichiro Koizumi từng hứa tại cuộc họp Thượng Hải năm 2001 rằng mình sẽ xem xét việc xây một đài tưởng niệm riêng thay thế Yasukuni. Đến nay, khi sự việc chưa ngã ngũ, vấn đề Yasukuni vẫn là điểm nhạy cảm trong quan hệ Nhật với các nước láng giềng.
Trong tháng 6/2005, một nhóm người thiểu số Đài Loan dưới sự chỉ huy của chính khách Kao-Chin Su-mei đã định vào Yasukuni (với sự giúp đỡ của Hội đồng Thiên Chúa giáo vì công lý và hòa bình Nhật Bản). Họ đại diện cho 9 bộ tộc thiểu số ở Đài Loan mà tổ tiên họ được thờ tại Yasukuni, mong muốn được lấy hài cốt người thân đưa về cố quốc. Tuy nhiên, nhiều người Nhật lẫn cảnh sát đã ngăn họ vào đền. Cuộc biểu tình của hơn 100 người siêu ái quốc Nhật đã chặn đường nhóm người Đài Loan, ngăn không cho họ xuống khỏi xe buýt... và sau một tiếng rưỡi căng thẳng, nhóm người Đài Loan phải bỏ cuộc...
