Theo Quy hoạch vùng ĐBSCL thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050, phương hướng phát triển nông nghiệp là chuyển đổi cơ cấu sản xuất nông nghiệp thích ứng với thay đổi về điều kiện tự nhiên theo 3 tiểu vùng sinh thái: vùng sinh thái ngọt ở thượng nguồn và trung tâm của đồng bằng là vùng trọng điểm về sản xuất lúa, thủy sản nước ngọt, trái cây; phát triển nền nông nghiệp đa dạng, theo hướng hiện đại, bền vững, có tính đến thích ứng với lũ cực đoan; vùng sinh thái mặn - lợ ở ven biển dành cho phát triển nuôi trồng thủy sản nước mặn, mặn - lợ trên bờ và trên biển; phát triển hệ thống nông - lâm kết hợp theo hướng sinh thái, hữu cơ, kết hợp du lịch sinh thái; vùng chuyển tiếp ngọt - lợ ở giữa đồng bằng để phát triển thủy sản nước lợ chuyên canh, luân canh với lúa, rau màu...
Bên cạnh nước ngọt, nước mặn cũng được coi là một loại tài nguyên khai thác. Do đó, cần tiếp tục xây dựng, phát triển hạ tầng thủy lợi để điều tiết các vùng nước lợ, nước mặn và nước ngọt phù hợp với sản xuất của từng vùng và tổ chức lại sản xuất để phù hợp với từng vùng.
Ông Nguyễn Anh Đức, Viện Khoa học tài nguyên nước (Bộ TN&MT) cho biết, tài nguyên nước tại khu vực ĐBSCL chịu tác động bởi nhiều yếu tố như thủy điện Trung Quốc trên sông Lan Thương, thủy điện hạ lưu vực sông Mê kông, chuyển nước trong và ngoài lưu vực, phát triển tưới, sử dụng nước cho công nghiệp và sinh hoạt, công trình giao thông đường thủy, khai thác cát, biến đổi khí hậu lưu vực sông Mê kong. Bộ TN&MT khuyến nghị việc quản lý và sử dụng tài nguyên nước ĐBSCL phục vụ cho phát triển kinh tế, nông nghiệp tại khu vực với hai giải pháp phi công trình và công trình. Trong đó, cần hoàn chỉnh hệ thống công trình khai thác, sử dụng nước ngọt trong nội đồng đồng bộ với công trình trên hệ thống kênh trục và công trình quy mô tiểu vùng; chủ động kiểm soát mặn để vừa sử dụng hiệu quả nước mặn cho nuôi trồng thủy sản (NTTS) vừa đảm bảo giảm tác động của xâm nhập mặn lên sản xuất nông nghiệp (lúa, cây ăn quả, rau màu, cây công nghiệp...), chăn nuôi và cấp nước sinh hoạt cho người dân ven biển. Xây dựng các giải pháp công trình phục vụ NTTS (cấp nước ngọt, nước lợ, mặn, xử lý nước thải ô nhiễm), đặc biệt các giải pháp cấp nước ngọt, nước mặn cho khu vực NTTS xa sông và xa biển. Song song các giải pháp cấp nước cho sản xuất nông nghiệp và NTTS, chú trọng các giải pháp cấp nước sinh hoạt và vệ sinh môi trường.
Các chuyên gia Hà Lan cũng đưa ra một số khuyến nghị khoa học về nước và nông nghiệp cùng việc phát triển trung tâm đầu mối nông sản vùng ĐBSCL. Cụ thể, cần hạn chế sử dụng, khai thác quá mức nguồn nước ngầm trong mùa khô nhằm tránh gây hiện tượng thất thoát, bảo đảm chất lượng nước trong khu vực cũng như sử dụng nguồn nước nuôi trồng thủy sản hiệu quả. Cần có nhiều chương trình, dự án nghiên cứu giống cây chịu hạn mặn, quy trình kỹ thuật mới trong chuyển đổi cơ cấu cây trồng; phòng chống sạt lở bờ sông, bờ biển; thành lập hành lang đa dạng sinh học; nâng cao năng lực thích ứng biến đổi khí hậu cho hợp tác xã trong vùng…
Nghị quyết 120/NQ-CP ngày 17/11/2017 của Chính phủ về phát triển bền vững vùng ĐBSCL thích ứng với biến đổi khí hậu (BĐKH) đã nhất mạnh: "Lấy tài nguyên nước là yếu tố cốt lõi, là cơ sở cho việc hoạch định chiến lược, chính sách, quy hoạch phát triển vùng, cần phải được quản lý tổng hợp trên toàn lưu vực". Các biện pháp khôi phục không gian tích trữ lượng nước thừa gây ngập lụt trong cao điểm mùa mưa lũ để điều tiết cho mùa kiệt sẽ gia tăng độ ẩm mặt đất cả vùng và duy trì dòng chảy ra biển để cân bằng sinh thái với điều kiện hệ thống công trình thủy lợi phải được cải tiến, vận hành trên nguyên tắc "tôn trọng sự chuyển động của nước một cách chủ động, thân thiện nhất" là yêu cầu căn cơ nhất để đảm bảo cho châu thổ Cửu Long thích ứng với BĐKH.
Dòng chảy nguồn nước tích trữ điều tiết về cuối nguồn giao hòa với biển phải được lưu thông, chuyển động theo quy luật ảnh hưởng triều biển Đông với chế độ bán nhật triều không đều, hàng tháng có 2 kỳ nước lớn trùng với chu kỳ tuần trăng, triều cường xuất hiện vào các ngày rằm và ngày cuối tháng âm lịch, để phục hồi phần nước lợ từ bao đời đã tạo nên hệ sinh thái ven biển đặc thù phong phú. "Biển rất cần nước ngọt của sông vì nước ngọt mang dinh dưỡng ra cho biển, làm cho độ mặn, nhiệt độ nước biển vừa phải. Cá biển rất cần vào, ra cửa sông để sinh sản và ngược lại tôm, cá sông cần biển. Chẳng hạn như tôm càng xanh là loài nước ngọt, nhưng khi mang trứng thì phải bơi ra vùng nước lợ để đẻ, sau đó tôm con di chuyển ngược dần lên vùng ngọt. Cá kèo thì sinh sản ở vùng cửa sông" - Th.s Nguyễn Hữu Thiện (chuyên gia độc lập về sinh thái ĐBSCL) cho biết.
Phân tích dữ liệu từ những đợt hạn hán trong những năm qua cho thấy, lưu lượng nước trên sông Mê kong về ĐBSCL ở mức dưới 1.600 m3/s, giảm trên 1.200m3/s so với mức bình quân trong quá khứ. Diễn biến trong điều kiện thời tiết cực đoan này cũng đặt ra yêu cầu các giải pháp trữ nước cần phải tính đến các tình huống lưu lượng nước ngọt thượng nguồn Mê kong đổ về ĐBSCL ở mức suy kiệt và con số 422 tỉ m3/năm mà các cơ quan chức năng ghi nhận trước đây không còn phản ánh đúng hiện trạng. Do đó, cùng với khôi phục không gian trữ nước đầu nguồn thì không gian trữ nước trong mùa mưa lũ trên đồng ruộng, kênh mương, ao hồ… các khu đất ngập nước ở vùng giữa, giáp mặn để chủ động nguồn nước nội vùng và góp phần điều tiết tăng cường độ dòng chảy nước ngọt về phía ven biển trong mùa kiệt, giảm bớt mặn xâm nhập sâu về phía thượng nguồn cũng cần được thực hiện trên cơ sở điều chỉnh sản xuất phù hợp…
Giải pháp thích ứng biến đổi khí hậu vùng châu thổ Cửu Long 
Sản xuất nông nghiệp bền vững cho vùng đồng bằng sông Cửu Long 
