Nhấn mạnh tại buổi làm việc, Bộ trưởng Phạm Khôi Nguyên cho rằng, quan điểm của Bộ là phải giải quyết dứt điểm vấn đề của Vedan. Bộ trưởng nói: "Đánh rắn không thể đánh gãy từng khúc mà phải giải quyết thấu đáo, nếu các biện pháp khắc phục về môi trường của Vedan đã hoàn thành mà vấn đề bồi thường cho người dân chưa được giải quyết, thì câu chuyện của Vedan vẫn chưa thể kết thúc".
Bộ trưởng Phạm Khôi Nguyên cho rằng vấn đề giải quyết thiệt hại cho nông dân do Vedan gây ô nhiễm môi trường gây ra có 3 cách là thỏa thuận, đưa ra trọng tài kinh tế và ra tòa. Quan điểm của ông Nguyên cho rằng, nên giải quyết vấn đề trên theo hình thức thỏa thuận vì sẽ có lợi cho cả phía nông dân và Công ty Vedan.
Trước vấn đề mà Bộ trưởng Phạm Khôi Nguyên nêu ra, ông Yang, Tổng Giám đốc Công ty Vedan nói, công ty luôn ý thức trách nhiệm của mình về vấn đề này. Hiện doanh nghiệp đang phối hợp với Viện Tài nguyên môi trường nước, các đơn vị khoa học và 3 địa phương để tiếp tục xác minh những con số cụ thể, để cùng nhau đi đến một kết luận cuối cùng về mức độ và phạm vi thiệt hại mà Vedan gây ra, sau đó sẽ tiến hành các bước bồi thường hay hỗ trợ cho người dân.
Bộ trưởng Phạm Khôi Nguyên cũng cho biết, thời gian tới, Bộ sẽ thực hiện tổng kiểm tra tại tất cả các nhà máy của Vedan ở các địa phương, nếu phát hiện sai phạm, Bộ sẽ thực hiện các biện pháp xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật
