Theo Đoàn giám sát, không phải toàn bộ chùa Trăm Gian bị phá như một số phương tiện truyền thông đưa tin, mà chỉ có 3 hạng mục trong khuôn viên di tích là nhà Tổ, gác Khánh và thềm đá bị phá đi, xây mới khi chưa được sự đồng ý của cơ quan có thẩm quyền. Các cơ quan quản lý nhà nước đối với di tích cũng đã nhận trách nhiệm và nghiêm túc sửa sai, khẩn trương giải quyết hậu quả. Sau khi Sở VH,TT&DL Hà Nội chỉ đạo đình chỉ thi công sai phạm tại chùa Trăm Gian, Sở đã thành lập Hội đồng tư vấn tu bổ, tôn tạo và phục hồi các hạng mục nhà Tổ, gác Khánh của Di tích, đồng thời, phối hợp với Viện Bảo tồn di tích kiểm đếm, phân loại và bảo quản các cấu kiện đã hạ giải của các hạng mục nói trên.
Đoàn giám sát cũng kết luận: Sai phạm tại chùa Trăm Gian đã được làm rõ nguyên nhân và trách nhiệm của các cấp. Vấn đề quan trọng bây giờ là cần xác định giải pháp khắc phục các hạng mục sai phạm để chùa Trăm Gian xứng đáng là một Di tích lịch sử, vì thế, việc phục hồi các hạng mục tại chùa Trăm Gian phải hết sức cẩn trọng, tránh lãng phí thêm một lần nữa
