Khu bảo tồn được xây dựng với tiêu chí bảo tồn hệ động - thực vật, đồng thời lưu giữ nguồn gen quý hiếm của các loài đặc hữu và đặc trưng của hệ sinh thái trên vịnh Hạ Long.
Qua đó, 4 phân khu chức năng chính được xây dựng, gồm: Khu đón tiếp, quản lý, kỹ thuật; khu trung tâm; khu bảo tồn động thực vật; khu tham quan, bảo tồn cảnh quan nền và mặt nước. Được biết, toàn bộ kinh phí cho Khu bảo tồn lên tới 20 tỷ đồng