Nội dung kháng nghị cho rằng, bản án sơ thẩm của TAND TP Tuy Hòa đã áp dụng khoản 1 điều 289 BLHS đối với 4 bị cáo Nguyễn Minh Quyền, Phạm Ngọc Mẫn, Nguyễn Tấn Quang, Đỗ Như Huy là không đúng quy định pháp luật, không tương xứng tính chất, mức độ của hành vi phạm tội và hậu quả do các bị cáo gây ra. Mặt khác, ông Lê Đức Hoàn - Phó trưởng Công an TP Tuy Hòa đã có hành vi thiếu trách nhiệm trong việc chỉ đạo, kiểm tra các hoạt động của chuyên án, để xảy ra việc dùng nhục hình gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng. Hành vi đó có dấu hiệu phạm tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng quy định tại điều 285 BLHS nhưng cấp sơ thẩm chưa điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật…
Bản án phúc thẩm của TAND tỉnh Phú Yên còn nhận định quá trình điều tra, truy tố và xét xử ở cấp sơ thẩm còn có nhiều thiếu sót, nhưng cấp phúc thẩm không thể khắc phục được, cần phải hủy án để điều tra, xét xử