Riêng bị can Phan Thị Khoa (nguyên cán bộ Chi cục Thuế TP Vinh, nay là Chủ tịch HĐQT Công ty CP Xây dựng thương mại Đại Huệ) "đạo diễn" đường dây lừa đảo này, chiếm đoạt 282.600.000 đồng, cũng bị cơ quan CSĐT quyết định khởi tố về hành vi nêu trên được quy định tại Khoản 3, Điều 139, Bộ luật Hình sự. Nhưng VKSND tỉnh Nghệ An cho rằng "chưa đủ cơ sở kết luận Phan Thị Khoa cùng đồng bọn chiếm đoạt số tiền 82.600.000 đồng nên Khoa chỉ phạm tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản được quy định tại Khoản 2, Điều 139, Bộ luật Hình sự". Theo đó, VKSND tỉnh Nghệ An ra quyết định hủy bỏ quyết định khởi tố bị can Phan Thị Khoa của cơ quan CSĐT vì hết thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự. Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Nghệ An lại cho rằng "VKSND tỉnh Nghệ An đã trừ số tiền 82.600.000 đồng khắc phục sau vụ án ra khỏi tổng số tiền bị chiếm đoạt hơn một tỉ đồng là bỏ lọt tội phạm. Số tiền 82.600.000 đồng trả lại cho bị hại chỉ được xem xét là khắc phục hậu quả và là tình tiết giảm nhẹ khi xử lí đối với Phan Thị Khoa mà thôi". Vì thế, cơ quan CSĐT Công an Nghệ An đã gửi kiến nghị lên VKSND Tối cao và thủ trưởng cơ quan CSĐT Bộ Công an.
Lí do cơ quan CSĐT Công an tỉnh Nghệ An phục hồi vụ án này là do tháng 4/2001 sau khi nhận được một số đơn tố cáo của công dân đã nộp hồ sơ và tiền cho Trần Thị Hồng Hoa để làm thủ tục đi xuất khẩu lao động (XKLĐ) và du học ở Đài Loan, Nhật Bản, Hàn Quốc, Australia và Mĩ. Cơ quan CSĐT thu thập chứng cứ và ngày 11-9-2001 khởi tố vụ án, khởi tố bị can Hoa về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản". Do Hoa bỏ trốn nên cơ quan CSĐT đã ra lệnh truy nã toàn quốc. Ngày 11/1/2002, hết thời hạn điều tra vụ án nhưng chưa bắt được Hoa nên cơ quan CSĐT ra quyết định tạm đình chỉ điều tra vụ án, điều tra bị can. Tháng 5/2013, sau hơn 12 năm bỏ trốn, Hoa về nước, đến cơ quan Công an đầu thú.
Quá trình phục hồi điều tra, Công an làm rõ: Tuy không có chức năng XKLĐ nhưng ba bị can nêu trên tự "dựng" lên "Phòng hướng nghiệp giới thiệu việc làm thanh niên"; lợi dụng danh nghĩa Trung tâm thanh thiếu nhi Nguyễn Tất Thành ở TP Vinh để đăng phát quảng cáo tư vấn, tuyển người đi XKLĐ và du học trên Đài PTTH Nghệ An. Vì Khoa có chồng là cán bộ tỉnh (chồng là ông D, lúc đó là Bí thư Huyện ủy Tân Kỳ) nên giao cho Hoa chức Trưởng phòng, lo việc kí nhận hồ sơ và thu tiền rồi nộp cho Khoa. Khoa và An soạn thảo mẫu hợp đồng, tư vấn dịch vụ. Năm 1999 và 2000, đường dây này đã thực hiện 6 hành vi lừa đảo người đi XKLD, du học và hai hành vi vay tiền, lừa góp vốn để chiếm đoạt 1.049.120.500 đồng của 28 bị hại ở Hải Dương, Nghệ An, Hà Tĩnh.
Khi cơ quan CSĐT Công an tỉnh Nghệ An gửi bản kết luận điều tra sang VKSND tỉnh Nghệ An thì bị can Hoa gửi đơn khiếu nại về việc vì sao người "đạo diễn" đường dây này là bị can Khoa lại bị bỏ sót, đồng thời tố cáo chi tiết việc hai bị can Khoa và An đã ép bức Hoa bỏ trốn ra nước ngoài bằng vụ "đánh" thuốc mê khiến Hoa khi tỉnh dậy đã thấy mình lạc vào một ngôi chùa ở Trung Quốc. Hơn 12 năm sau, bị can này về nước và đến cơ quan Công an đầu thú