Nghị định nêu rõ, người đứng đầu cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp huyện (Trưởng phòng) chịu trách nhiệm trước UBND cấp huyện, Chủ tịch UBND cấp huyện và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan chuyên môn do mình phụ trách. Cấp phó của người đứng đầu cơ quan chuyên môn thuộc UBND (Phó Trưởng phòng) là người giúp Trưởng phòng chỉ đạo một số mặt công tác và chịu trách nhiệm trước Trưởng phòng về nhiệm vụ được phân công. Khi Trưởng phòng vắng mặt một Phó Trưởng phòng được Trưởng phòng ủy nhiệm điều hành các hoạt động của phòng. Số lượng Phó Trưởng phòng cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp huyện không quá 3 người. Việc bổ nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, miễn nhiệm, cho từ chức, thực hiện chế độ, chính sách đối với Trưởng phòng, Phó Trưởng phòng do Chủ tịch UBND cấp huyện quyết định theo quy định của pháp luật.
Như vậy, những huyện có số lượng cấp phó hơn 3 người phải giản lược để đảm bảo quân số nói trên (Nghị định có hiệu lực từ cuối tháng 6/2014). Trao đổi về việc những cấp phó dôi dư này sẽ đi đâu, một lãnh đạo UBND huyện cho hay, có các cách để giản lược như: luân chuyển “sang ngang”, đưa về UBND cấp xã, một số đợi... nghỉ hưu.
Theo Nghị định, 10 cơ quan chuyên môn được tổ chức thống nhất ở tất cả các quận, huyện, thị xã, thành phố. Đó là: Phòng Nội vụ; Phòng Tư pháp; Phòng Tài chính - Kế hoạch; Phòng Tài nguyên và Môi trường; Phòng Lao động - Thương binh và Xã hội; Phòng Văn hoá và Thông tin; Phòng Giáo dục và Đào tạo; Phòng Y tế; Thanh tra huyện; Văn phòng Hội đồng nhân dân (HĐND) và UBND hoặc Văn phòng UBND nơi thí điểm không tổ chức HĐND. Ngoài 10 cơ quan chuyên môn được tổ chức thống nhất ở tất cả các quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh nêu trên, tổ chức một số cơ quan chuyên môn để phù hợp với từng loại hình đơn vị hành chính cấp huyện. Cụ thể, ở các quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh có phòng Kinh tế, phòng Quản lý đô thị; ở các huyện có phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, phòng Kinh tế và Hạ tầng.
Về tổ chức các cơ quan chuyên môn ở các huyện đảo, Nghị định quy định, căn cứ vào các điều kiện cụ thể của từng huyện đảo, UBND cấp tỉnh trình HĐND cấp tỉnh quyết định số lượng và tên gọi các phòng chuyên môn thuộc UBND huyện đảo. Số lượng cơ quan chuyên môn của UBND huyện đảo không quá 10 phòng
