Musharraf trở về Islamabd từ hôm 24/3/2013 sau mấy năm sống lưu vong, để trốn tránh án tù vì tội tham nhũng và giết người. Khi ông cùng các vệ sĩ và phái đoàn nhỏ bé của mình xuống sân bay Islamabad, hai tình huống đã xảy ra: một nhóm mang chân dung Musharraf và phất cờ, hô khẩu hiệu ủng hộ ông; trong khi một đoàn người khác vốn trước đây là ủng hộ viên của cố Thủ tướng Bhutto, biểu tình đả đảo, đòi Musharraf hãy "cút đi!". Tất nhiên vốn đã biết trước, lực lượng an ninh chìm nổi phối hợp cùng cảnh sát, đã dẹp yên hai đoàn biểu tình gây mất trật tự.
Musharraf sau đó điềm nhiên ra tòa theo trát đòi. Khi Musharraf đi bộ vào cổng chính của tòa án ở thành phố Karachi, ông bị một khách bộ hành ném một chiếc giày vào đầu, tuy nhiên ông không hề hấn gì. Lần trở về này, Musharraf muốn tòa xóa bản án treo trên đầu mình để danh chính ngôn thuận ra vận động tranh cử trong kỳ bầu cử Quốc hội vào tháng 5 tới. Chính trường Pakistan vốn lâu nay không yên ả gì, nay lại dậy sóng bởi sự có mặt của một con người từng ở đỉnh cao quyền lực tại nước này.
Khi còn đương nhiệm, Musharraf bị cáo buộc lên kế hoạch ám sát đối thủ - cựu Thủ tướng Bhutto - vào ngày 27/7/2007, khi bà vận động tranh cử tại Rawalpindi. Vụ này gây chấn động dư luận Pakistan và thế giới, dẫn đến việc Musharraf phải rời chính trường. Nhân khi Quốc hội Pakistan bắt đầu quá trình luận tội Musharraf từ chiều 11/8/2008, báo chí tại Islamabad lại hâm nóng vụ vệ sĩ Khalid Shahenshah của cố Thủ tướng Bhutto bị bắn chết. Họ đặt giả thuyết: phải chăng cái chết của ông này có liên quan đến Musharraf? Đa số đều có cùng nghi vấn.
Sau khi Liên Hiệp Quốc nhận đứng ra điều tra cái chết của bà Bhutto bằng việc cử phái đoàn đến Islamabad, sợ nhân chứng Shahenshah tiết lộ một số chi tiết có thể gây bất lợi cho mình, Musharraf đã bí mật cho người ám sát Shahenshah để bịt đầu mối?
Musharraf là một đồng minh của Tổng thống George W. Bush. Vụ Bhutto bị sát hại xem ra rất nhạy cảm trong bối cảnh từ tháng 10/2007, Musharraf tỏ ra ít mặn mà trong việc cùng chống khủng bố với Bush. Musharraf lật đổ Thủ tướng Sharif vào năm 1999, sau đó lên nắm quyền, từng bước sửa đổi hiến pháp nhằm củng cố quyền lực cho tổng thống (trước đây, tổng thống Pakistan được xem là một vị thế hư danh).
Trong lần bầu tổng thống thứ nhất vào ngày 10/6/2007, Musharraf đắc cử. Đến ngày 30/11/2008, Tổng thống Bush gọi điện chúc mừng. Ngày 12/1/2008, Musharraf công khai phản đối việc LHQ đến Pakistan điều tra về cái chết của bà Bhutto. Sau 3 ngày họp, đến hôm 8/8/2008, Quốc hội quyết định sẽ tiến hành luận tội Musharraf vào ngày 19/8 xoay quanh tội bãi bỏ hiến pháp và tham nhũng (không minh bạch trong việc chi tiền các chuyến ra nước ngoài).
Đến ngày 18/8/2008, Musharraf tuyên bố từ chức. Dư luận lúc đó cho rằng Musharraf sẽ đến sống lưu vong tại Arập Xêút nhưng Quốc hội buộc ông tạm thời phải ở lại Pakistan. Trước khi leo lên chiếc xe hơi màu đen để rời Islamabad, Musharraf duyệt đội quân danh dự lần cuối cùng. Trong lịch sử Pakistan, đây là lần thứ nhất một nhóm chính trị gia dân sự đã dồn ép được một tổng thống phải từ bỏ quyền lực mà phía quân đội (rất quan trọng và có uy lực trong các cuộc đảo chính) phải tán thành, điều này xác nhận rằng thời điểm đã đến độ chín để Musharraf ra đi trong lặng lẽ mặc dù ông vẫn còn được quyền giải tán Quốc hội nhưng đã không dám làm thế vì nội tình của Pakistan, cũng là bởi áp lực của quốc tế - chính Tổng thống Bush đồng minh cũng muốn ông từ chức. Ngày 6/9/2008, bầu tân tổng thống, chồng của bà Bhutto là Zadari đắc cử.
Sau khi bị Quốc hội luận tội, mặc dù Musharraf không bị kết án tù nhưng uy tín của ông coi như không còn. Cũng ngay sau đó, Quốc hội biểu quyết cho ông được phép ra sống lưu vong tại nước ngoài, lần lượt đến hai nơi là London, Anh và Dubai của Các Tiểu vương quốc Arập thống nhất (EAU).
Trả lời phỏng vấn của nhà báo Wolf Blitzer Đài CNN rằng "Ông dựa vào cái gì để trở về Pakistan trong khi ở đó có rất nhiều người thù ghét ông?", Musharraf nói: “Tôi không tin ở Pakistan có nhiều người chống tôi, cũng chẳng tin rằng có người muốn vu khống để bôi nhọ thanh danh của tôi với mục đích không đúng là làm tôi mất phiếu trong kỳ bầu cử Quốc hội vào tháng 5/2013 tới”.
Lần này trở về, mục đích của Musharraf là muốn kết thúc những tranh cãi pháp lý lâu nay về tình trạng của ông với các cáo buộc tham nhũng và giết người. Hôm 29/3/2013, ra tòa án Karachi, ông được tòa phán quyết cho tại ngoại hầu tra. Ra tòa lần này, ngoài tội tham nhũng và liên can đến việc ám sát cựu Thủ tướng Bhutto, Musharraf còn bị buộc tội giết chết trưởng bộ tộc Baloch tên Nawab Akbar Bugti ở tỉnh Balochistan năm 2006.
Tuy nhiên, khi tự bào chữa trước tòa, Musharraf đã phủ nhận mọi cáo buộc, nói rằng ông là nạn nhân của "sự trả thù mê cuồng từ phía những người thân của gia đình cố Thủ tướng Bhutto". Nếu ông được tha bổng, theo các nhà phân tích, con đường hoạn lộ của ông vẫn chưa đến ngõ cụt, ông vẫn được ra ứng cử một ghế vào Quốc hội vào kỳ bầu cử sắp tới, còn nếu như ông bị tòa buộc tội rồi tuyên án 3 năm tù (cho hưởng án treo), thì coi như sự nghiệp chính trị của ông sẽ kết thúc
