Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự có 10 chương, 73 điều quy định về nguyên tắc tổ chức điều tra hình sự; tổ chức bộ máy, nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan điều tra; nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra; Điều tra viên và các chức danh khác trong điều tra hình sự; quan hệ phân công, phối hợp và kiểm soát trong hoạt động điều tra hình sự; bảo đảm điều kiện hoạt động điều tra hình sự và trách nhiệm của cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan.
So với Pháp lệnh tổ chức điều tra hình sự năm 2004 (sửa đổi, bổ sung năm 2006, năm 2009) thì Luật tổ chức cơ quan điều tra hình sự có nhiều điểm mới liên quan đến tổ chức và hoạt động của các cơ quan, đơn vị của lực lượng CAND. Cụ thể như sau:
1. Về tổ chức bộ máy, thẩm quyền của Cơ quan điều tra, Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự đã hợp nhất Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự quản lý kinh tế và chức vụ thành Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế và chức vụ và thành lập mới Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, sản xuất, buôn bán hàng giả, hàng cấm, xâm phạm sở hữu trí tuệ (Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về buôn lậu).
Đồng thời, trong tổ chức bộ máy Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an cấp tỉnh sẽ thành lập mới Phòng Cảnh sát điều tra tội phạm về buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, sản xuất, buôn bán hàng giả, hàng cấm, xâm phạm sở hữu trí tuệ (Phòng Cảnh sát điều tra tội phạm về buôn lậu); không quy định Cơ quan Cảnh sát điều tra có “bộ máy giúp việc” và quy định thành lập “Đội điều tra tổng hợp” ở Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an cấp huyện.
Bổ sung thẩm quyền cho Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an điều tra các vụ án đặc biệt nghiêm trọng thuộc thẩm quyền điều tra của Cơ quan Cảnh sát điều tra, Cơ quan An ninh điều tra do Hội đồng Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao hủy để điều tra lại. Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự đã bổ sung thẩm quyền điều tra cho Cơ quan An ninh điều tra Công an cấp tỉnh đối với tội khủng bố, tội tài trợ khủng bố.
Đồng thời, để đảm bảo tính linh hoạt, đáp ứng yêu cầu thực tiễn công tác đấu tranh, phòng, chống tội phạm, Luật đã bổ sung thẩm quyền cho Cơ quan An ninh điều tra Công an cấp tỉnh điều tra các vụ án hình sự về tội phạm khác liên quan đến an ninh quốc gia hoặc để đảm bảo khách quan theo sự phân công của Bộ trưởng Bộ Công an.
2. Thu gọn đầu mối cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra thuộc lực lượng Cảnh sát nhân dân. Theo đó, Luật đã giảm 4 đầu mối, cụ thể là: hợp nhất Cục Cảnh sát giao thông đường bộ - đường sắt và Cục Cảnh sát giao thông đường thuỷ thành 1 đầu mối là Cục Cảnh sát giao thông; hợp nhất Phòng Cảnh sát giao thông đường bộ - đường sắt, Phòng Cảnh sát giao thông đường thuỷ thành 1 đầu mối là Phòng Cảnh sát giao thông; bỏ quy định Cục Cảnh sát quản lý hành chính về trật tự xã hội, Cục Cảnh sát bảo vệ và hỗ trợ tư pháp, Phòng Cảnh sát quản lý hành chính về trật tự xã hội, Phòng Cảnh sát bảo vệ và hỗ trợ tư pháp, Trại tạm giam là cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra; bổ sung quy định Cục Cảnh sát phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao, Phòng Cảnh sát phòng, chống tội phạm sử dụng công nghệ cao Công an cấp tỉnh, Cảnh sát phòng cháy và chữa cháy tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương là cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra.
3. Để phù hợp với xu thế chung về tuyển dụng, bổ nhiệm cán bộ, công chức, đặc biệt là việc bổ nhiệm các chức danh tư pháp khác như Thẩm phán, Kiểm sát viên, Luật tổ chức cơ quan điều tra hình sự đã bỏ cơ chế bổ nhiệm Điều tra viên qua tuyển chọn theo Pháp lệnh tổ chức điều tra hình sự năm 2004 (sửa đổi, bổ sung năm 2006, năm 2009) và thay bằng cơ chế thi tuyển Điều tra viên.
Trên cơ sở đó, Luật đã thay quy định về Hội đồng tuyển chọn Điều tra viên bằng Hội đồng thi tuyển Điều tra viên các ngạch trong CAND.
4. Để bảo đảm thực hiện chế định về cán bộ điều tra mới được bổ sung vào Bộ luật Tố tụng hình sự năm 2015, Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự đã quy định cụ thể về tiêu chuẩn bổ nhiệm, việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cấp, thu hồi Giấy chứng nhận cán bộ điều tra, nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm của Cán bộ điều tra.
Cán bộ điều tra được bố trí ở Cơ quan điều tra và Cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Do tính chất công việc khác nhau nên tiêu chuẩn bổ nhiệm, nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của cán bộ điều tra ở hai cơ quan này có sự khác nhau.
Cán bộ điều tra thuộc các cơ quan điều tra chuyên trách là người có đủ các tiêu chuẩn theo quy định tại khoản 1, 2, 3 và 5 Điều 46 (Tiêu chuẩn chung đối với Điều tra viên) Luật tổ chức cơ quan điều tra hình sự thì có thể được bổ nhiệm để giúp Điều tra viên thực hiện một số hoạt động điều tra hình sự.
Còn Cán bộ điều tra thuộc cơ quan được giao tiến hành một số hoạt động điều tra là cán bộ làm việc kiêm nhiệm, được giao nhiệm vụ giúp Thủ trưởng cơ quan tiến hành một số hoạt động điều tra, thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự và Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự.
Cán bộ điều tra thuộc cơ quan được giao tiến hành một số hoạt động điều tra do Thủ trưởng cơ quan phân công theo từng vụ, việc.
5. Bổ sung quy định về trách nhiệm của Công an xã, phường, thị trấn, đồn Công an hỗ trợ hoạt động điều tra; theo đó, Công an xã có trách nhiệm tiếp nhận tố giác, tin báo về tội phạm, lập biên bản tiếp nhận, lấy lời khai ban đầu và chuyển ngay tố giác, tin báo về tội phạm kèm theo các tài liệu, đồ vật có liên quan cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền; Công an phường, thị trấn, Đồn Công an có trách nhiệm tiếp nhận tố giác, tin báo về tội phạm, lập biên bản tiếp nhận, tiến hành kiểm tra, xác minh sơ bộ và chuyển ngay tố giác, tin báo về tội phạm kèm theo các tài liệu, đồ vật, có liên quan cho Cơ quan điều tra có thẩm quyền...
6. Bổ sung 1 Chương (Chương IX) quy định về trách nhiệm của Chính phủ, các Bộ, ngành và UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong công tác điều tra hình sự. Theo đó, Chính phủ thống nhất quản lý về công tác điều tra hình sự và giao Bộ Công an giúp Chính phủ thực hiện.
