Theo kết quả xét nghiệm, nguyên nhân dịch bệnh ở một số hồ nuôi là do bệnh đầu vàng, hội chứng hoại tử gan tụy cấp tính, số khác chưa rõ nguyên nhân. Dịch bệnh trên tôm nuôi diễn biến phức tạp cùng với thời tiết biến đổi thất thường, khả năng trong thời gian tới sẽ bùng phát trên diện rộng, gây thiệt hại lớn cho người nuôi tôm.
UBND tỉnh Quảng Trị đã chỉ đạo Sở NN-PTNT phối hợp các địa phương và người dân phun hóa chất bao vây, khống chế dịch bệnh, hạn chế lây lan trên diện rộng. Tuy nhiên, do chưa có đủ kinh phí mua hóa chất cùng với dịch bệnh chưa rõ nguyên nhân đã gây ra nhiều khó khăn cho công tác phòng ngừa dịch bệnh.