Ông cũng được UBND TP Hà Nội tặng danh hiệu Công dân Thủ đô ưu tú và vinh danh cùng với 6 nhà khoa học khác vì đóng góp lớn trong xây dựng Tủ sách “Thăng Long ngàn năm văn hiến”, chuẩn bị hồ sơ gửi UNESCO công nhận Hoàng Thành Thăng Long là Di sản thế giới. Với những biện pháp mạnh dạn, kịp thời, khoa học và hiệu quả trong việc bảo vệ "linh vật sống" của Thủ đô, ông và các đồng sự đã được trao Giải thưởng Bùi Xuân Phái “Vì tình yêu Hà Nội”.
Những đóng góp của PGS.TS. Hà Đình Đức với Hà Nội thêm một lần được tôn vinh với danh hiệu “Trí thức tiêu biểu vì sự nghiệp phát triển Thủ đô” do Liên hiệp các Hội KHKT Hà Nội trao tặng, tổ chức tại Văn Miếu - Quốc Tử Giám vào ngày 7-10 tới đây. Theo GS.TS. Vũ Hoan, Chủ tịch Liên hiệp các Hội KHKT Hà Nội, những người được vinh danh lần này là những trí thức giàu tâm huyết, có năng lực sáng tạo, có nhiều cống hiến và dũng cảm chấp nhận thử thách để đi đến thành công, đem lại hiệu quả thiết thực phục vụ sự nghiệp phát triển của Thủ đô và đất nước.
Có thể nói, PGS.TS. Hà Đình Đức là người dành cho Hà Nội nói chung, Hồ Gươm và rùa Hồ Gươm nói riêng, tình yêu sâu nặng như máu thịt trong ông. Suốt hơn 2 thập kỷ qua, ông dành trọn tâm huyết để tìm hiểu, nghiên cứu và có nhiều hành động thiết thực bảo vệ Hồ Gươm, bảo vệ rùa Hồ Gươm rất hiệu quả. Cũng bởi thế, từ lâu ông đã được mọi người yêu mến gọi với biệt danh “Giáo sư rùa”.
Đầu năm 1991, lần đầu tiên trông thấy rùa nổi trên mặt Hồ Gươm, ông đã cảm thấy niềm say mê với loài rùa quý này được đánh thức. Và rồi, ông bắt tay vào nghiên cứu cũng như hoạt động bảo vệ rùa Hồ Gươm cùng khu vực Hồ Gươm. Ông đã có hàng loạt kiến nghị lên Chủ tịch nước, Thủ tướng chính phủ, Bộ VHTT&DL, UBND TP Hà Nội để có các dự án nghiên cứu về địa lý, lịch sử, văn hóa, sinh thái và môi trường, cũng như có các biện pháp bảo vệ, để Hồ Gươm trở thành Di sản quốc gia.
Đến nay, PGS.TS. Hà Đình Đức đã có 6 công trình nghiên cứu cấp quốc gia về Hồ Gươm và trên 200 bài viết về rùa Hồ Gươm. Trung tâm sách Kỷ lục Việt Nam từng trao tặng kỷ lục “Người tìm hiểu nghiên cứu và có bài viết về rùa Hồ Gươm và Hồ Gươm nhiều nhất Việt Nam” cho ông. Với những nghiên cứu của mình, ông đã đưa ra luận điểm: Lê Lợi đã đem rùa từ Thanh Hóa ra thả ở hồ Lục Thủy (nay là Hồ Gươm).
Vì tư liệu xưa cho thấy, ở Vung Sung (sông Lương, Thanh Hóa) xưa có loài rùa to bằng chiếc chiếu đôi. Còn theo ông, rùa đá đội bia ở Vĩnh Lăng (Lam Kinh) cũng là loài rùa mai mềm giống tiêu bản rùa Hồ Gươm trưng bày trong đền Ngọc Sơn (Hà Nội), cũng giống loài rùa đang sinh sống tại Hồ Gươm. Mà loài rùa này không có gốc gác ở Thăng Long - Hà Nội. Vì thế, có thể khi Lê Lợi lên ngôi vua, đã cho thả loài rùa này ở Hồ Gươm.
Với tình yêu lớn với rùa Hồ Gươm, sau hơn 1 thập kỷ nghiên cứu, PGS.TS. Hà Đình Đức đã chứng minh và thuyết phục các nhà khoa học tin rằng, rùa Hồ Gươm là một loài rùa mới và cái tên khoa học là rùa Lê Lợi (Rafetus leloii) đã ra đời. Ông còn đề nghị có dự án nghiên cứu bảo vệ loài rùa quý Hồ Gươm, cũng như cần sự hợp tác quốc tế về vấn đề này. Với những kết quả nghiên cứu nhiều năm, ông đã báo động về sự xuất hiện của loài rùa tai đỏ ở Hồ Gươm vào 2004, để Hà Nội có những quyết sách phù hợp trong việc bảo vệ loài rùa quý ở đây.
Khi sự nghiệp nghiên cứu rùa Hồ Gươm mới bắt đầu, thì tâm huyết của ông đã lập tức bị thách thức với việc rục rịch triển khai Dự án nạo vét Hồ Gươm bằng cơ giới, với quy mô lớn, để đào 100.000m3 bùn đổ ra sông Hồng và bơm nước sông Hồng vào Hồ Gươm.
Nhận thấy ngay nguy cơ làm xáo trộn môi trường đang sống yên ổn xưa nay của loài rùa quý Hồ Gươm, thậm chí, còn đưa chúng tới chỗ diệt vong, PGS.TS. Hà Đình Đức lập tức gửi tờ trình lên cấp trên, nêu rõ tác hại của vấn đề này và đề xuất phương pháp nạo vét bằng biện pháp thủ công. Nhờ sự kiên quyết của ông, cuối cùng, Hà Nội đã tiến hành nạo vét Hồ Gươm theo cách ông đề xuất.
Với tư cách là nhà khoa học nghiên cứu về văn hóa, lịch sử Hà Nội, ông đã đóng góp nhiều cho sự phát triển của Thủ đô. Hơn 10 năm trước, khi dự án xây dựng tòa nhà 4 tầng làm Trung tâm Văn hóa Du lịch tại 16 Lê Thái Tổ, bên cạnh tượng vua Lê, ông đã gửi tờ trình lên Chủ tịch nước, Thủ tướng và Phó Thủ tướng Chính phủ, nêu rõ: “Nếu dự án trên thực hiện, sẽ không chỉ xúc phạm đến một Di tích lịch sử có giá trị hàng đầu ở khu vực Hồ Gươm mà còn phá vỡ cảnh quan vốn dĩ đã quen thuộc ở đây.” Với những bằng chứng văn hóa và lịch sử thuyết phục, ông đã góp phần để tòa nhà này phải dừng xây dựng, bảo vệ được khu Di tích tượng vua Lê.
PGS.TS. Hà Đình Đức còn tham gia với Hội Khoa học Lịch sử và Hội Kiến trúc sư Việt Nam ngăn chặn được việc xây Khách sạn Hà Nội vàng, vì công trình này xây trên địa điểm có ý nghĩa lịch sử, nơi Chủ tịch Hồ Chí Minh đã làm việc và cùng các thành viên Chính phủ Cách mạng đầu tiên ký vào bản Tuyên ngôn Độc lập. Hơn nữa, Thủ đô Hà Nội là nơi có tượng đài duy nhất và bia tưởng niệm duy nhất về hai danh nhân lớn của dân tộc ta là Lê Lợi và Nguyễn Du, nên không được phép xúc phạm những di tích đã được Nhà nước công nhận.
Những nghiên cứu thâm sâu về văn hóa, lịch sử đã làm cơ sở để ông đề xuất lấy ngày vua Lê đăng quang tại điện Kính Thiên (15/4 âm lịch) hàng năm làm ngày lễ hội của Hà Nội và đã được chấp nhận. Năm 2009, ông cũng đề xuất việc dựng Tháp “Hà Nội Km 0” tại khu vực Hồ Gươm bằng các loại đá quý trong cả nước. Chuẩn bị 1.000 năm Thăng Long – Hà Nội, ông cũng gửi tờ trình về việc đặt tên Đào Cam Mộc - người có công đầu tôn phù Lý Công Uẩn lên ngôi vua - cho một đường phố Hà Nội.
Trong sự nghiệp nghiên cứu về rùa Hồ Gươm, bảo vệ Hồ Gươm, PGS.TS. Hà Đình Đức luôn tràn đầy năng lượng với sự thôi thúc tự nhiên. Nhiều khi, dù không được cấp kinh phí, ông vẫn lăn lộn với công việc mà ông đã say mê. Ông theo dõi từng vấn đề liên quan đến Hồ Gươm và rùa Hồ Gươm, để báo cáo và đề xuất những biện pháp kịp thời. Vì thế, ông đã ngăn chặn được việc đua thuyền rồng trên Hồ Gươm, bảo vệ khi rùa Hồ Gươm bị nhiều thương tích, báo động về mực nước Hồ Gươm đã cạn, để UBND thành phố kịp thời có các giải pháp. Ông cũng có công lớn trong việc chuẩn bị hồ sơ tài liệu về văn hoá, lịch sử Hồ Gươm để đề nghị Bộ VHTT&DL công nhận Hồ Gươm và Khu vực Hồ Gươm là Khu Di tích Văn hóa Lịch sử Quốc gia
