Mục đích hạn chế, ngăn chặn một số đối tượng, doanh nghiệp lợi dụng chính sách hoàn thuế GTGT để trục lợi, vi phạm pháp luật. Khu KTTMĐB Lao Bảo được xây dựng từ chủ trương của Bộ Chính trị hai nước Việt Nam và Lào.
Ngày 12/11/1998, Chính phủ Việt Nam đã ra Quyết định 219/1998/QĐ-TTg ban hành Quy chế Khu thương mại Lao Bảo. 7 năm sau đó, Khu thương mại Lao Bảo thành Khu KTTMĐB Lao Bảo, được Chính phủ ban hành Quyết định số 11/2005/QĐ-TTg về Quy chế Khu với những ưu đãi trong chính sách đầu tư, cơ chế miễn thuế… thay cho Quyết định 219. Tuy nhiên, sau nhiều năm phát triển, nhận thấy có hiện tượng một số doanh nghiệp, đối tượng lợi dụng các chính sách thu hút đầu tư, miễn thuế GTGT trong Khu để trục lợi, buôn lậu và gian lận thương mại.
Do đó, năm 2013, Chính phủ đã ban hành Quyết định 72/2013/QĐ-TTg, cắt giảm một số mặt hàng không cho hưởng hoàn thuế GTGT; khuyến khích đầu tư, nhưng thắt chặt một số điều kiện kinh doanh nhằm phát triển trong khu mang tính thực chất hơn; đồng thời hạn chế thấp nhất hiện tượng lợi dụng điều kiện kinh doanh dễ dãi để trục lợi hoàn thuế GTGT, buôn lậu và gian lận thương mại tại Khu KTTMĐB Lao Bảo.
Từ Quyết định 72 của Chính phủ, Bộ Tài chính ban hành Thông tư hướng dẫn 109 và UBND tỉnh Quảng Trị đã ra quyết định thực hiện, trong đó quy định doanh nghiệp đầu tư kinh doanh các mặt hàng được hoàn thuế GTGT theo quy định ở trong Khu KTTMĐB Lao Bảo phải có số vốn pháp định từ 5 tỷ đồng trở lên. Đặc biệt, đối với mặt hàng xe máy sản xuất tại nội địa xuất bán vào khu này, phải đảm bảo quản lý chặt chẽ và khuyến khích được đầu tư, kinh doanh trong Khu.
Sau khi các quyết định và thông tư trên có hiệu lực đi vào thực tế, một số doanh nghiệp kinh doanh xe máy trong Khu KTTMĐB không đủ điều kiện kinh doanh miễn thuế đã kiến nghị Chính phủ, Bộ, ngành Trung ương và chính quyền địa phương tháo gỡ. Tuy nhiên, từ thực tế lợi dụng chính sách hoàn thuế GTGT, UBND tỉnh Quảng Trị giữ quan điểm đồng thuận với Quyết định 72 của Chính phủ, Thông tư 109 của Bộ Tài chính và thực hiện nghiêm túc các quy định về kinh doanh mặt hàng miễn thuế trong Khu KTTMĐB Lao Bảo.
