Thời gian qua, thương mại điện tử ở Việt Nam đã có bước phát triển đáng kể bởi những lợi ích to lớn mà hoạt động này mang lại. Ước tính, tỷ lệ người dùng internet tham gia mua sắm trực tuyến ở Việt Nam chiếm trên 90%, trong khi tốc độ tăng trưởng của thương mại điện tử trong những năm gần đây luôn ở mức cao, trên 20%/năm.
Để quản lý hoạt động kinh doanh trên nền tảng số, Quốc hội, Chính phủ đã ban hành nhiều văn bản quy phạm pháp luật. Cơ quan thuế các cấp đã sớm chủ động vào cuộc, phối hợp với các ngành liên quan chống thất thu thuế lĩnh vực kinh doanh này. Tuy nhiên, số thuế nộp ngân sách nhà nước so với thu nhập và doanh thu từ lĩnh vực kinh doanh thương mại điện tử chưa tương xứng với tiềm năng phát triển, gây thất thu ngân sách. Hơn thế nữa, điều này đang gây mất bình đẳng giữa những người kinh doanh.
Bà Nguyễn Thị Lan Anh, Vụ trưởng Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp nhỏ và vừa, hộ kinh doanh, cá nhân, Tổng cục Thuế cho biết, hoạt động thương mại điện tử là một hoạt động thương mại mới, có rất nhiều khó khăn cho công tác quản lý thuế. Hiện nay, chính sách thuế đã có quy định tổ chức, cá nhân tự kê khai và nộp thuế khi hoạt động thương mại điện tử, cơ quan thuế đóng vai trò hướng dẫn tuyên truyền là chính.
Bên cạnh đó, cơ quan thuế cũng có những cơ chế kiểm soát, trong trường hợp người nộp thuế cố tình không kê khai, sẽ có chế tài cụ thể. Nếu có dấu hiệu trốn thuế, cơ quan thuế sẽ chuyển vụ việc sang cơ quan Công an, các cơ quan pháp luật khác để xử lý.
Theo bà Nguyễn Thị Minh Huyền, Phó Cục trưởng Cục Thương mại điện tử và Kinh tế số, Bộ Công Thương, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về thương mại điện tử, Cục đã trình Chính phủ ban hành Nghị định 85/2021/NĐ-CP sửa đổi bổ sung Nghị định 52/2013/NĐ-CP về thương mại điện tử, hướng tới mục tiêu thúc đẩy hóa các giao dịch thương mại điện tử đảm bảo cạnh tranh lành mạnh trên môi trường điện tử, hỗ trợ doanh nghiệp phát triển thương mại điện tử, hình thành tập quán tiêu dùng thương mại hiện đại tại Việt Nam. Nghị định chỉ quy định bổ sung những nội dung đặc thù về quản lý thương mại điện tử trên môi trường trực tuyến và không đề cập đến những nội dung quy định tại pháp luật chuyên ngành về kinh doanh thương mại, trong đó có quản lý thuế; đảm bảo sự bình đẳng về môi trường thương mại truyền thống cũng như môi trường thương mại hiện đại. Các quy trình đăng ký, thông báo thương mại điện tử đều được thực hiện trực tuyến. Đây là thủ tục hành chính dịch vụ công cấp độ 4.
Nhận định thương mại điện tử ở Việt Nam phát triển rất nhanh, đặt ra thách thức rất lớn, trong đó có vấn đề quản lý thuế, Giáo sư, Tiến sỹ Hoàng Văn Cường, Ủy viên Ủy ban Tài chính-Ngân sách của Quốc hội, Phó Hiệu trưởng Trường Đại học Kinh tế quốc dân cho rằng, đây không phải là thách thức với riêng nước ta, mà với cả các nước phát triển. Nhiều nước cũng thấy việc quản lý thu thuế với hệ thống thương mại điện tử hiện đang rất lúng túng, đặc biệt là vấn đề kinh doanh xuyên biên giới. Tuy vậy, quản lý thuế trên thương mại điện tử của Việt Nam đã đạt được những kết quả đáng ghi nhận.
Khi những hoạt động giao dịch không còn là vật lý, cơ học mà đã chuyển sang môi trường mạng thì công cụ quản lý thuế cũng phải thay đổi để thích nghi. Quá trình này được ngành thuế thực hiện khá nhanh. Chính nhờ đó, Việt Nam được đánh giá là một trong 4 nước đi đầu ở khu vực Đông Nam Á về việc quản lý thuế xuyên biên giới thông qua việc các nhà mạng phải kê khai thuế trên Cổng thông tin điện tử. Bên cạnh triển khai về mặt kỹ thuật, công nghệ, việc tạo lập khuôn khổ pháp lý cũng được chú trọng. Để có khuôn khổ pháp lý về quản lý thuế đối với thương mại điện tử, chúng ta đã phối hợp hoạt động khá tốt trong bộ máy quản lý và đã đạt được những thành công đáng ghi nhận trong công tác quản lý thuế thương mại điện tử.
Giải pháp chống thất thu thuế trên sàn thương mại điện tử 
Thu thuế thương mại điện tử hơn 5.111 tỷ đồng 
