Đến dự và phát biểu chỉ đạo Hội nghị, đồng chí Đinh Thế Huynh, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Trung ương Đảng, Trưởng ban Tuyên giáo Trung ương, Chủ tịch Hội đồng Lý luận Trung ương biểu dương những kết quả đã đạt được của Hội đồng khoa học các cơ quan Đảng Trung ương qua 15 năm xây dựng và phát triển. Hội đồng đã triển khai được hơn 400 công trình nghiên cứu khoa học cấp bộ. Trong đó, nhiều công trình nghiên cứu có chất lượng cao, được áp dụng trong công tác nghiên cứu lý luận, công tác tham mưu và chỉ đạo thực tiễn của các cơ quan Đảng Trung ương.
Đồng chí Đinh Thế Huynh cũng chỉ rõ, bên cạnh những thành tích đáng trân trọng, Hội đồng cần lưu ý khắc phục sớm một số hạn chế: Số lượng các công trình nghiên cứu tuy nhiều nhưng chất lượng chưa thực sự tương xứng, chưa đáp ứng được những đòi hỏi ngày càng cao của yêu cầu nhiệm vụ, nhất là yêu cầu nâng cao năng lực và chất lượng tham mưu, chỉ đạo của các cơ quan Đảng.
Đồng chí Đinh Thế Huynh nhấn mạnh: Tình hình mới của thực tiễn cách mạng nước ta trong bối cảnh thế giới đang có những biến động nhanh chóng và khó lường, Đảng ta được nhân dân giao phó thực hiện sứ mạng cao cả là xây dựng thành công chủ nghĩa xã hội ở Việt
Với vai trò lãnh đạo của mình trong thời đại khoa học - kỹ thuật, thông tin phát triển như vũ bão, Đảng ta phải tự nâng tầm vóc của mình lên ngang tầm thời đại mới có thể đáp ứng được sự mong đợi và sự giao phó của cả dân tộc. Do vậy, công tác tham mưu cho Đảng ngày càng đòi hỏi chất lượng cao hơn, hàm lượng chất xám trong tham mưu phải nhiều hơn.
Nhất trí cao với phương hướng và nhiệm vụ của Hội đồng trong nhiệm kỳ 2011-2015, đồng chí Đinh Thế Huynh đề nghị Hội đồng cần triển khai thực hiện Kết luận số 28-TB/TW của Ban Bí thư về việc "Kiện toàn tổ chức, bộ máy và đổi mới phương thức hoạt động của Hội đồng khoa học các cơ quan Đảng ở Trung ương".
Hội đồng tiếp tục đổi mới mạnh mẽ nội dung, phương thức hoạt động để nâng cao hơn nữa chất lượng các đề tài, đề án, đáp ứng những đòi hỏi thiết thực cho công tác tham mưu của các ban Đảng và cơ quan Đảng Trung ương, đáp ứng yêu cầu và nhiệm vụ mới của cách mạng nước ta trong thời kỳ mới.
Mọi hoạt động của Hội đồng cần bám sát tinh thần Nghị quyết Đại hội XI của Đảng; định hướng nội dung và triển khai thực hiện các đề án phục vụ trực tiếp, thiết thực, hiệu quả yêu cầu nâng cao năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của Đảng