Dự thảo Thông tư cũng quy định, đơn thuốc điện tử sẽ được tạo, hiển thị, ký số, chia sẻ và lưu trữ bằng phương thức điện tử, và có giá trị pháp lý tương đương với đơn thuốc giấy, miễn là tuân thủ các quy định của thông tư này. Cơ sở khám bệnh, chữa bệnh cần đảm bảo việc lưu trữ các đơn thuốc để có thể trích xuất dữ liệu khi cần thiết.
Việc kê đơn thuốc điện tử thực hiện theo lộ trình. Cụ thể, từ ngày thông tư này có hiệu lực, các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh có hình thức tổ chức là bệnh viện chuyên sâu sẽ phải thực hiện kê đơn thuốc điện tử.
Chậm nhất đến ngày 1/1/2026, các bệnh viện cấp cơ bản phải hoàn thành việc áp dụng kê đơn thuốc điện tử. Tới ngày 1/1/2027, tất cả các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh khác có hoạt động kê đơn thuốc phải triển khai việc kê đơn thuốc bằng hình thức điện tử.
Quy định về kê đơn thuốc bằng hình thức điện tử không chỉ giúp đơn giản hóa quá trình quản lý đơn thuốc mà còn góp phần hiện đại hóa hệ thống y tế; giúp giảm thiểu sai sót do việc đọc và viết sai thông tin bằng tay. Hệ thống điện tử cho phép bác sĩ ghi chính xác thông tin về liều lượng, tần suất, chỉ định của thuốc. Bên cạnh đó, kê đơn thuốc điện tử giúp tiết kiệm thời gian, từ đó giảm thiểu thời gian giao tiếp và việc ghi chép thủ công, giúp cải thiện hiệu quả làm việc và giảm thời gian chờ đợi cho bệnh nhân.
Thông tư này nhằm đảm bảo việc kê đơn thuốc phải phù hợp với chẩn đoán và mức độ bệnh, đồng thời đạt được mục tiêu an toàn và hợp lý trong việc sử dụng thuốc.
Đặc biệt, số lượng thuốc kê đơn sẽ căn cứ vào các hướng dẫn điều trị, nhưng không được vượt quá 30 ngày, trừ trường hợp kê đơn thuốc gây nghiện, thuốc giảm đau cho người bệnh ung thư hoặc AIDS, thuốc hướng thần, thuốc tiền chất.
Dự thảo cũng chỉ rõ các loại thuốc không được kê vào đơn thuốc, bao gồm các thuốc không có mục đích phòng bệnh, chữa bệnh, thuốc chưa được cấp phép lưu hành tại Việt Nam, thực phẩm chức năng và mỹ phẩm.
Để đảm bảo tính rõ ràng và chính xác, đơn thuốc cần ghi đầy đủ thông tin của người bệnh như số định danh cá nhân hoặc số căn cước công dân (nếu có), địa chỉ nơi người bệnh thường trú hoặc tạm trú.
Đối với trẻ dưới 72 tháng tuổi, phải ghi thêm số tháng tuổi, cân nặng, tên của bố hoặc mẹ. Thời hạn đơn thuốc phải ghi rõ ngày, tháng, năm có giá trị, và không được sớm hơn ngày kê đơn, trừ trường hợp kê đơn thuốc gây nghiện, thuốc hướng thần.
Hơn 80% cơ sở y tế chưa kê đơn thuốc điện tử 
Kê đơn thuốc điện tử, người bệnh không phải đau đầu dịch chữ bác sĩ 
