Liên quan tới vụ án, năm 2008, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã khởi tố 10 bị can, trong đó có Chủ tịch Hội đồng quản trị kiêm Tổng Giám đốc Tổng Công ty Cosevco Trần Xuân Đính và nhiều thuộc cấp. Quá trình điều tra sau đó, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã lần lượt đình chỉ điều tra 3 bị can, miễn truy cứu trách nhiệm hình sự, trong đó có bị can Trần Xuân Đính.
Ngày 24/10/2012, TAND tỉnh Quảng Trị mở phiên tòa sơ thẩm, xét xử vụ án trên gồm 7 bị cáo nhưng bị cáo Hoàng Công Uyên (SN 1954), nguyên Giám đốc Công ty Xây dựng 78, lúc đó vắng mặt do bệnh hiểm nghèo. Sáu bị cáo còn lại gồm: Đặng Ngọc Thành, Hồ Sỹ Quảng, Lê Văn Xưởng, Lê Chơn, Hoàng Xuân Thuận (SN 1952) nguyên Kế toán trưởng Tổng Công ty Cosevco; Nguyễn Khắc Thương (SN 1952), nguyên Phó Giám đốc Cty EC5. Trong đó, các bị cáo Uyên, Thành, Quảng, Xưởng bị truy tố về tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”; Thuận, Chơn và Thương bị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Tuy nhiên, tại phiên tòa này, HĐXX đã tuyên trả hồ sơ vụ án để điều tra bổ sung.
Trong năm 2012 và 2013, TAND tỉnh Quảng Trị đã nhiều lần mở phiên tòa xét xử sơ thẩm vụ án trên, nhưng đều đã phải hoãn tòa do nhiều lý do quy định của tố tụng.
Cơ quan CSĐT sau đó đã điều tra bổ sung vụ án. Riêng bị can Hoàng Công Uyên được đình chỉ điều tra do mắc bệnh hiểm nghèo.
Sau gần 6 năm kể từ ngày khởi tố các bị can, 6 bị can còn lại trong vụ án tiếp tục phải hầu tòa tại phiên xét xử sơ thẩm do TAND tỉnh Quảng Trị mở vào các ngày 24 và 25/9 /2013. Tại phiên tòa này, HĐXX tuyên phạt các bị cáo Đặng Ngọc Thành và Lê Văn Xưởng mỗi bị cáo 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo; Hồ Sỹ Quảng, Lê Chơn và Nguyễn Khắc Thương mỗi bị cáo 2 năm tù nhưng cho hưởng án treo, Hoàng Xuân Thuận 1 năm cải tạo không giam giữ, về các tội đã nói ở phần trên.
Đáng chú ý, theo hồ sơ vụ án, sau khi Cơ quan CSĐT Bộ Công an đình chỉ điều tra bị can Trần Xuân Đính, thì ông này trở thành vai trò “nhân chứng” trong vụ án. Song ở tất cả các phiên tòa sơ thẩm, cả 6 bị cáo trên đều yêu cầu tòa triệu tập “nhân chứng” Trần Xuân Đính để đối chất, làm rõ vụ án, đều không được tòa chấp nhận, hoặc chấp nhận nhưng… không mời được “nhân chứng”này(!?).
“Kịch tính” của vụ án chưa dừng lại ở đó, trong lúc cả bốn bị cáo Thành, Xưởng, Quảng, Chơn đều kêu oan, vì cho rằng mình không phạm tội làm trái, lợi dụng chức vụ quyền hạn, bản án sơ thẩm kể trên bị VKSND Tối cao kháng nghị về phần trách nhiệm hình sự đối với 2 bị cáo Thành và Xưởng, cho rằng án treo là chưa tương xứng với hành vi phạm tội, đề nghị tăng hình phạt. Ngày 19/3/2014, ông Thành và Xưởng đã bị bắt tạm giam theo lệnh của Tòa Tối cao...
Tại phiên tòa sơ thẩm sáng 6/5/2014, sau phần trình bày ý kiến của 4 bị cáo, là đề nghị tòa triệu tập ông Trần Xuân Đính đến tòa để đối chất với các bị cáo về những sự việc liên quan đến vụ án, HĐXX đã quyết định hoãn xử vụ án do xét thấy đề nghị này của các bị cáo là đúng theo quy định của pháp luật, quyền lợi và nghĩa vụ liên quan của các bị cáo tại phiên tòa.
Theo hồ sơ vụ án, Dự án Nhà máy gỗ MDF tại Khu Công nghiệp Nam Đông Hà, thuộc phường Đông Lương, TP Đông Hà, tỉnh Quảng Trị, do Tổng Công ty Cosevco làm chủ quản đầu tư, Công ty Xây dựng 78 làm chủ đầu tư, được phê duyệt theo Quyết định 1300/ TCTXD - DA của Tổng Công ty Cosevco ngày 26/6/2001 với công xuất 30.000 m3 sản phẩm/năm. Tổng mức đầu tư hơn 224 tỷ đồng. Trong quá trình xây dựng dự án đã 4 lần điều chỉnh vốn đầu tư lên hơn 457 tỷ đồng. Dự án này gồm 25 gói thầu và được khởi công vào tháng 8/2001 đến tháng 9/2005 hoàn thành đưa vào sử dụng. Đến năm 2007, nhà máy được chuyển giao cho Công ty Cổ phần MDF- Geruco Quảng Trị thuộc tập đoàn Cao su Việt
