Theo kết luận nêu trên cho thấy, thực hiện việc bồi dưỡng chế độ độc hại cho công nhân bằng sữa, trong vòng một năm (9/2012 - 10/2013), Công ty MTĐT Nha Trang đã có hành vi gian lận trong 3 đợt mua sữa Trường Sinh nhưng lại thanh toán giá sữa Ông Thọ, gây thiệt hại cho ngân sách và quyền lợi người lao động hơn 457 triệu đồng.
Trong hai năm 2012-2013, doanh nghiệp này đã quyết toán khống hơn 306 triệu đồng chi phí bón phân cho cỏ trồng trang trí, quyết toán không đủ thủ tục hơn 1 tỷ đồng chi phí điện chiếu sáng công cộng.
Cùng thời gian trên, Công ty MTĐT Nha Trang đã chi lương cho viên chức quản lý 3,6 tỷ đồng, vượt hơn 1,6 tỷ đồng so với quỹ lương kế hoạch đã được phê duyệt. Sau nhiều lần công nhân phản ứng, trong tháng 4/2013 Hội đồng thành viên doanh nghiệp này đã nộp trả hơn 987 triệu đồng tiền lương, số tiền còn phải tiếp tục thu hồi 638 triệu đồng.
Điều đáng nói là thu nhập tiền lương bình quân mỗi tháng của Giám đốc Lương Khánh Thuận 105 triệu đồng, nâng mức tổng thu mỗi năm hơn 1 tỷ đồng, trong khi thu nhập bình quân của công nhân doanh nghiệp này có mức cao nhất chỉ đến 7,7 triệu đồng. Kết luận thanh tra khẳng định Giám đốc Lương Khánh Thuận là người phải chịu trách nhiệm toàn bộ sai phạm nêu trên, Phó giám đốc Nguyễn Đăng Khoa chịu trách nhiệm về những nội dung được phân nhiệm.
Cơ quan thanh tra đã kiến nghị UBND tỉnh Khánh Hòa xử lý nghiêm minh hành vi sai phạm của Giám đốc Công ty MTĐT Nha Trang và các cộng sự có liên quan, xử lý sai phạm về tài chính hơn 2,4 tỷ đồng, truy thu gần 600 triệu đồng thuế thu nhập doanh nghiệp, thu hồi hơn 450 triệu đồng từ những cá nhân sai phạm.
