Từ việc kiểm tra hoạt động khai thác khoáng sản trên địa bàn, Phòng CSĐT tội phạm về TTQLKT&CV Công an tỉnh Phú Thọ đã phát hiện những sai phạm của Quang. Quá trình xác minh, đến ngày 2/1/2015, cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Thọ đã hoàn tất bản kết luận điều tra, khởi tố Quang về tội in, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước.
DNTN Quang Hiền được thành lập và hoạt động kinh doanh theo giấy chứng nhận do Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Phú Thọ cấp phép, ngành nghề kinh doanh sau nhiều lần thay đổi gồm chế biến đá vôi, khai thác chế biến khoáng sản, kinh doanh vận tải hàng hóa đường bộ, kinh doanh vật liệu... DNTN Quang Hiền hạch toán độc lập, kê khai thuế trên hệ thống mạng và hạch toán thuế theo phương pháp khấu trừ, ông Nguyễn Hữu Quang là người đại diện theo pháp luật đồng thời là Giám đốc doanh nghiệp.
Ngày 15/3/2012, UBND tỉnh Phú Thọ có Quyết định số 687/QĐ-UBND về việc cấp phép cho DNTN Quang Hiền khai thác cát, sỏi tại lòng Ngòi Lao thuộc xã Vô Tranh, huyện Hạ Hòa, tỉnh Phú Thọ. Dù có thủ tục này nhưng DNTN Quang Hiền vẫn chưa được phép khai thác cát, sỏi vì chưa được UBND huyện Hạ Hòa làm các thủ tục thu hồi và giao đất cho doanh nghiệp để khai thác cát, sỏi theo quy định. Chính vì thế, DNTN Quang Hiền cũng không có các loại hàng hóa đó để bán ra thị trường. Vốn là người có quan hệ rộng và kinh doanh trong nhiều năm nay, Quang biết có rất nhiều doanh nghiệp trong, ngoài tỉnh Phú Thọ và nhiều lái xe có nhu cầu mua hóa đơn GTGT để hợp thức hóa việc mua bán hàng hóa và làm chứng từ thanh toán. Vì thế, Quang nảy ý định phạm tội.
Quá trình xác minh, Phòng Cảnh sát kinh tế Công an tỉnh Phú Thọ đã làm rõ được 2 doanh nghiệp đã trực tiếp mua hóa đơn GTGT của Quang. Một trong số đó là Công ty TNHH Xây dựng và Thương mại Hải Nam, có trụ sở tại phường Nông Trang, TP Việt Trì (Phú Thọ). Trước đó, ông Trịnh Trung Hải, Giám đốc công ty này thu mua cát, sỏi trôi nổi trên thị trường để thi công công trình đường giao thông tại xã Ninh Dân đi Võ Lao (Thanh Ba-Phú Thọ). Để hợp thức số hàng trên, ông Hải đã liên hệ với Quang mua 3 liên hóa đơn với doanh số khống trên 300 triệu đồng. Công ty TNHH Cây dựng vàTthương mại Hải Nam sau đó đã sử dụng để kê khai dịch vụ hàng hóa mua vào để được khấu trừ tiền thuế GTGT hơn 30 triệu đồng…
Theo lời khai của Quang, để che giấu hành vi phạm tội, tránh phải nộp thuế vào ngân sách Nhà nước, Quang sử dụng hóa đơn GTGT là các mặt hàng vật liệu xây dựng thông dụng như xi măng, gạch, ngói… là những mặt hàng Quang mua vào để kinh doanh. Thế nhưng, trong quá trình kinh doanh, bán hàng Quang không xuất hóa đơn bán gạch, ngói xi măng cho người mua với mục đích để tăng số tiền thuế được khấu trừ.
Khi viết bán hóa đơn khống các mặt hàng cát sỏi đá, Quang không phải nộp thuế. Với hành vi trên, Quang đã thu lời bất chính gần 1 tỷ đồng. Toàn bộ số tiền chiếm đoạt được, Quang sử dụng để chi tiêu cá nhân, phần còn lại đầu tư vào việc làm ăn.
