Cáo trạng của Viện KSND tối cao cho biết, tháng 3/2008, Vinalines ký hợp đồng mua ụ nổi 83M và thuê vận chuyển từ cảng Nakhodka - Cộng hòa Liên bang Nga về Việt Nam. Thủ tục nhập khẩu thông quan ụ nổi 83M vào tại quan Cảng Vân Phong, tỉnh Khánh Hòa tháng 6/2008. Tuy nhiên, do ụ nổi 83M đã quá cũ và hư hỏng nhiều, nên Vinalines ký hợp đồng thuê Nhà máy sữa chữa tàu biển Huyndai Vinashin sửa chữa. Tranh thủ thương vụ này, 4 đối tượng nêu trên đã cấu kết thực hiện hành vi tham ô tài sản bằng thủ đoạn lập báo giá sửa chữa và khối lượng vật tư theo 2 hợp đồng vào ngày 12/8/2008 có nội dung sửa chữa một số công việc phần sắt hàn và kẽm chống ăn mòn và hợp đồng ngày 20/8/2008 có nội dung sửa chữa một số công việc phần van, ống, máy, phần chống ăn mòn vỏ ụ nổi 83M để “rút ruột” công quỹ Nhà nước chia nhau tiêu xài.
Kết quả điều tra đã xác định 4 bị cáo đã tham ô tài sản với tổng số tiền hơn 3,6 tỷ đồng. Trong số đó, Trần Hải Sơn chiếm đoạt 2,2 tỷ đồng, Trần Văn Quang chiếm đoạt hơn 857 triệu đồng, Trần Bá Hùng chiếm đoạt hơn 395 triệu đồng, Phạm Bá Giáp chiếm đoạt hơn 178 triệu đồng.
Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, trong vụ án này Trần Hải Sơn với vai trò chủ mưu, Trần Văn Quang là đối tượng tổ chức thực hiện hành vi phạm tội, còn Trần Bá Hùng và Phạm Bá Giáp là kẻ giúp sức tích cực. Điều đáng nói là tại phiên tòa sơ thẩm, Dương Chí Dũng, nguyên Cục trưởng Cục hàng hải Việt Nam, cựu Chủ tịch Hội đồng quản trị Vinalines - bị cáo trong “đại án Vinalines” đã bị Tòa phúc thẩm TAND tối cao tại Hà Nội tuyên xử hình phạt tổng hợp tử hình về hai tôi tham ô và cố ý làm trái các quy định của Nhà nước trong quản lý kinh tế cùng được dẫn giải đến tòa để tham gia tố tụng với tư cách là người có quyền và nghĩa vụ liên quan. Bởi lẽ trong quá trình điều tra, truy tố vụ án, bị can Trần Hải Sơn khai báo đã đưa cho Dương Chí Dũng 150 triệu đồng trong những dịp lễ, tết. Dương Chí Dũng thừa nhận đó là sự thật nhưng do Trần Hải Sơn tự nguyện, chứ không bị ép buộc, vòi vĩnh hay hứa hẹn giải quyết vấn đề gì và cũng không hề biết nguồn gốc số tiền đó ở đâu. Theo dự kiến phiên tòa sẽ diễn ra trong 4 ngày