Qua đó, KTNN kiến nghị xử lý tài chính hơn 273,1 tỷ đồng (bao gồm tăng thu ngân sách hơn 2,1 tỷ đồng; giảm dự toán, giảm thanh toán năm sau hơn 3 tỷ đồng; thu hồi kinh phí thừa hơn 267,8 tỷ đồng); kiến nghị khác hơn 189,7 tỷ đồng.
Còn nhiều hạn chế trong quá trình điều hành ngân sách
KTNN đánh giá, năm 2023, mặc dù còn nhiều khó khăn, song với sự nỗ lực của cả hệ thống chính trị, tình hình kinh tế - xã hội năm 2023 của tỉnh Khánh Hoà tiếp tục ổn định và phát triển. Tuy nhiên, kết quả kiểm toán cho thấy địa phương còn một số tồn tại, hạn chế cần khắc phục trong quá trình điều hành ngân sách. Cụ thể, trong công tác thu ngân sách, kết quả kiểm toán chỉ rõ, dự toán khoản thu từ hoạt động xuất nhập khẩu, dự toán thu nội địa năm 2023 không kể thu tiền sử dụng đất, thu xổ số kiến thiết, cổ tức, lợi nhuận sau thuế của tỉnh Khánh Hòa chưa thể hiện sự phấn đấu tăng thu từ khâu lập dự toán theo quy định.
Đối với công tác chi đầu tư xây dựng cơ bản, kết quả kiểm toán cho thấy địa phương chậm xây dựng Kế hoạch đầu tư công năm 2023 gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính; còn trường hợp chưa lựa chọn danh mục và mức vốn bố trí cụ thể cho từng dự án từ đầu năm; chưa ưu tiên bố trí đủ vốn cho dự án đã hoàn thành đưa vào sử dụng; chưa ưu tiên bố trí vốn cho dự án chuyển tiếp thực hiện theo tiến độ được phê duyệt…Tỉnh bố trí nguồn xổ số kiến thiết 23,8 tỷ đồng để hoàn trả ứng trước tiền thuê đất đã nộp cho các nhà đầu tư tại Khu du lịch Bắc bán đảo Cam Ranh là chưa phù hợp. Việc điều chỉnh, bổ sung kế hoạch vốn nhiều lần; điều chỉnh, bổ sung kế hoạch vốn cho dự án không sát thực tế dẫn đến phải xin kéo dài thời gian thực hiện giải ngân.
Bên cạnh đó, tỷ lệ giải ngân kế hoạch vốn đầu tư công của tỉnh đạt thấp (chỉ đạt 69% so với mức Thủ tướng Chính phủ giao từ đầu năm phấn đấu trên 95%). Đối với chi thường xuyên, tỉnh Khánh Hòa giao dự toán từ nguồn thu sử dụng đất 30 tỷ đồng để bố trí trong lĩnh vực chi thường xuyên không đúng theo quy định. UBND tỉnh giao dự toán hỗ trợ kinh phí nhân viên cấp dưỡng, bảo mẫu, cán bộ quản lý phục vụ công tác bán trú cho học sinh tiểu học là con em đồng bào dân tộc thiểu số hơn 6,4 tỷ đồng cho các huyện không có trong định mức chi do Hội đồng nhân dân tỉnh ban hành; giao thừa dự toán tiền lương và định mức hoạt động đơn vị sự nghiệp phân bổ theo biên chế cho thành phố Nha Trang hơn 2,8 tỷ đồng.
Liên quan đến việc quản lý, sử dụng kinh phí bảo vệ môi trường và ứng phó với biến đổi khí hậu giai đoạn 2021-2023, kết quả kiểm toán cho thấy, UBND tỉnh Khánh Hòa chưa ban hành giá dịch vụ thu gom, vận chuyển và xử lý chất thải rắn sinh hoạt. Nhiều dự án liên quan đến môi trường và ứng phó biến đổi khí hậu còn chưa được triển khai, chậm triển khai hoặc phải dừng triển khai. Chưa kịp thời thực hiện đấu thầu để lựa chọn nhà thầu thực hiện một số gói thầu xử lý rác thải sinh hoạt theo quy định (thị xã Ninh Hòa, huyện Vạn Ninh); một số xã, phường chưa nộp trả ngân sách cấp trên (thành phố Nha Trang, thị xã Ninh Hoà) kinh phí thừa hết nhiệm vụ chi hơn 2 tỷ đồng.
Về công tác quản lý và sử dụng nguồn kinh phí hoạt động giai đoạn 2021-2023 của các cơ sở y tế công lập tại tỉnh Khánh Hoà. Kết quả kiểm toán cũng chỉ rõ, công tác lập dự toán thu còn chưa có căn cứ, chưa thuyết minh cơ sở tính toán và xây dựng phương án sử dụng; không phân bổ hết dự toán cho các đơn vị trực thuộc ngay từ đầu năm mà giữ lại phân bổ hết trong năm. Tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh còn để xảy ra tình trạng công nợ tồn lâu, chưa có biện pháp xử lý dứt điểm; chưa làm rõ nguyên nhân và trách nhiệm đối với các khoản viện phí mà cơ quan BHXH từ chối thanh toán.
Tại thời điểm kiểm toán, các bệnh viện chưa thực hiện kê khai và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với khoản thu khám, chữa bệnh thuộc BHYT và không thuộc BHYT thanh toán theo khung giá quy định của Nhà nước; một số bệnh viện chưa kê khai đầy đủ thuế giá trị gia tăng và chưa nộp tiền thuê đất đối với diện tích đất được sử dụng vào mục đích kinh doanh, cho thuê, liên doanh, liên kết tổng số tiền 182 triệu đồng; chưa thực hiện các thủ tục chuyển đổi hình thức sử dụng đất từ giao đất không thu tiền sang thuê đất trả tiền hàng năm; ban hành quy chế quản lý, sử dụng tài sản công tại đơn vị chậm.
Một số bệnh viện chưa chuyển số dư quỹ dự phòng ổn định thu nhập đã trích lập vào quỹ bổ sung thu nhập; chênh lệch thu lớn hơn chi năm 2023 còn lại sau khi đã trích lập các quỹ theo quy định không bổ sung vào quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp mà theo dõi riêng…
Xử lý tài chính hơn 273 tỷ đồng và kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân liên quan
Qua kết quả kiểm toán, KTNN kiến nghị UBND tỉnh Khánh Hòa chỉ đạo các đơn vị thực hiện xử lý tài chính hơn 273,1 tỷ đồng (tăng thu NSNN hơn 2,1 tỷ đồng; giảm dự toán, giảm thanh toán năm sau hơn 3 tỷ đồng; thu hồi kinh phí thừa hơn 267,8 tỷ đồng); kiến nghị khác hơn 189,7 tỷ đồng. Kiến nghị kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan trong công tác quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công. Xem xét, xử lý trách nhiệm các đơn vị, cá nhân có liên quan trong việc giải ngân vốn đầu tư công năm 2023 đạt tỷ lệ thấp và xếp loại yếu (Sở Y tế, Sở Thông tin và Truyền thông) theo tiêu chí đánh giá đã ban hành.
Ngoài ra, KTNN đề nghị UBND tỉnh Khánh Hoà và các đơn vị trực thuộc được kiểm toán chấn chỉnh rút kinh nghiệm đối với hạn chế, tồn tại đã được nêu trong BCKT, đồng thời kiến nghị một số giải pháp để hoàn thiện công tác quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công.
Đối với Bộ Y tế, KTNN kiến nghị ban hành văn bản hướng dẫn cụ thể cơ sở xác định và việc quản lý và sử dụng chi phí dự phòng rủi ro trong cơ cấu giá dịch vụ khám, chữa bệnh quy định tại Thông tư số 13/2023/TT-BYT ngày 29/6/2023 của Bộ trưởng Bộ Y tế quy định khung giá và phương pháp định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu do cơ sở khám, bệnh, chữa bệnh của nhà nước, làm cơ sở cho các cơ sở khám, chữa bệnh thực hiện. Điều chỉnh, sửa đổi giá tối đa và tối thiểu đối với cùng một dịch vụ quặn gây mê 01 mi, 02 mi, 03 mi, 04 mi và phẫu thuật tháo nẹp vít sau kết hợp xương một bên tại Phụ lục 02 khung giá dịch vụ kỹ thuật và xét nghiệm theo yêu cầu của Thông tư số 13/2023/TT-BYT ngày 29/6/2023 của Bộ Y tế quy định khung giá và phương pháp định giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu do cơ sở khám bệnh, chữa bệnh của nhà nước cung cấp cho phù hợp.
Giải ngân vốn đầu tư công các dự án quan trọng quốc gia thấp hơn bình quân chung 
Kịp thời điều chuyển vốn để tăng tốc giải ngân đầu tư công 
