Hội nghị đã đề ra Nghị quyết lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ quân sự, quốc phòng và xây dựng Đảng bộ Quân đội năm 2013; tổ chức kiểm điểm sự lãnh đạo, chỉ đạo của Quân ủy Trung ương năm 2012; ra Nghị quyết lãnh đạo xây dựng đội ngũ cán bộ quân đội trong giai đoạn 2012-2020 và những năm tiếp theo; lãnh đạo công tác kiểm tra trong tình hình mới; công tác huấn luyện trong tình hình mới; công tác khoa học, công nghệ và môi trường đến năm 2020 và những năm tiếp theo. Đồng thời, xem xét thông qua sửa đổi, bổ sung quy chế công tác cán bộ trong Quân đội nhân dân Việt Nam, thông qua đề án sắp xếp đổi mới và phát triển doanh nghiệp quân đội 2011-2015…
Hội nghị Quân ủy Trung ương xác định: năm 2013, tiếp tục triển khai đồng bộ các nhóm giải pháp xây dựng Đảng theo Nghị quyết Trung ương 4, nâng cao hơn nữa năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của các cấp ủy, tổ chức đảng và chất lượng đội ngũ cán bộ, đảng viên; tập trung lãnh đạo, chỉ đạo tạo bước đột phá về chất lượng huấn luyện, giáo dục, đào tạo, xây dựng chính quy, chấp hành kỷ luật; tạo chuyển biến rõ rệt về điều chỉnh tổ chức, biên chế, cải cách hành chính; tăng cường thế trận và sức mạnh quốc phòng, khả năng sẵn sàng chiến đấu của quân đội; chủ động nắm chắc tình hình, xử lý thắng lợi mọi tình huống.
Trong năm 2012, dưới sự lãnh đạo của Quân ủy Trung ương, Quân đội đã làm tốt chức năng tham mưu cho Đảng, Nhà nước về nhiệm vụ quân sự, quốc phòng, thực sự là lực lượng nòng cốt bảo vệ vững chắc chủ quyền biên giới, biển, đảo và vùng trời của Tổ quốc. Quân ủy Trung ương đã lãnh đạo chỉ đạo thực hiện tốt nhiệm vụ xây dựng và củng cố nền quốc phòng toàn dân vững mạnh, xây dựng thế trận quốc phòng, an ninh vững chắc; tập trung lãnh đạo, chỉ đạo nâng cao chất lượng tổng hợp, sức chiến đấu của quân đội. Công tác xây dựng Đảng trong quân đội được tăng cường; triển khai thực hiện có hiệu quả các Nghị quyết của Trung ương, nhất là việc tiến hành kiểm điểm, tự phê bình và phê bình theo Nghị quyết Trung ương 4, khóa XI. Tình hình chính trị tư tưởng trong toàn quân ổn định, cán bộ, chiến sĩ đều tin tưởng tuyệt đối vào sự lãnh đạo của Đảng, sẵn sàng nhận và hoàn thành mọi nhiệm vụ được giao
