Để làm rõ hành vi của các bị cáo thuộc nhóm 42 bị cáo là giám đốc, nhân viên các đơn vị liên quan, HĐXX đã thẩm vấn anh em Mạc Văn Nguyện, Mạc Thành Nam. Nguyện thừa nhận hành vi đúng như cáo trạng truy tố, tỏ ý rất hối hận khi đưa người thân mình vào vòng lao lý.
Cáo trạng cáo buộc Mạc Văn Nguyện, Giám đốc Công ty Văn Nguyên, giúp sức tích cực cho Trịnh Tiến Dũng (SN 1973, cư trú tại Mỹ từ năm 2019, hiện đang bỏ trốn, là đối tượng chủ mưu, cầm đầu vụ án) tham gia vào hoạt động mua, bán linh kiên điện tử, giúp Dũng chiếm đoạt 56 tỷ đồng thông qua việc hoàn thuế VAT của Công ty Sài Gòn Tây Nam, Công ty Hoàng Nam Anh.
Nguyện còn nhập lậu 39 lô hàng trị giá 72 tỷ đồng từ nước ngoài về Việt Nam; sử dụng các công ty của Dũng trong và ngoài nước ký kết hợp đồng xuất, nhập khẩu hàng hóa giả, kém chất lượng, tạo dòng tiền hợp thức hóa việc vận chuyển trái pháp luật 1.155 tỷ đồng từ Việt Nam ra nước ngoài và ngược lai.
Bị cáo Mạc Thành Nam thì khai nhận làm theo chỉ dẫn của anh trai là Nguyện.
Hầu hết các bị cáo đều thừa nhận hành vi, làm công ăn lương, làm theo chỉ đạo của Dũng, không hề biết những hồ sơ của Dũng nhằm mục đích gì… Có bị cáo khai mặc dù giúp sức tích cực cho Dũng nhưng chưa được hưởng lợi gì, tài khoản ngân hàng bị khóa, nhà Dũng nhờ đứng tên bị kê biên…
Trong nhóm hành vi lừa đảo chiếm đoạt tiền hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT), bị cáo Lưu Thị Ngát (SN 1983, Giám đốc Công ty TNHH đầu tư dịch vụ Khánh Hưng) bị VKS cáo buộc sử dụng các công ty “ma” để xuất hóa đơn VAT khống cho Thủ Đức House và Công ty Sài Gòn Tây Nam xuất khẩu và hoàn thuế VAT trái pháp luật, giúp Trịnh Tiến Dũng chiếm đoạt 372 tỷ đồng tiền hoàn thuế.
Bị cáo Ngát khai sau khi thực hiện các hành vi được nhận từ Trịnh Tiến Dũng và các đồng phạm của Dũng số tiền 28 tỷ đồng. Ngát nói số tiền này đã chi cho 3 cán bộ (Chi cục Thuế quận 1, quận 3 và quận 5) khoảng hơn 7 tỷ đồng; đóng khoảng 2,4 tỷ đồng tiền thuế; chi cho Trần Hoàng Tiên 2,4 tỷ đồng, chi cho Đặng Ngọc Phú (không rõ lai lịch), sau đó còn giữ lại cho cá nhân khoảng 569 triệu đồng.
Bị cáo này thừa nhận hành vi phạm tội nhưng đề nghị được xem lại số tiền hưởng lợi vì sau khi nhận 28 tỷ đồng từ Dũng, Ngát chỉ còn lại 569 triệu nhưng cáo trạng cáo buộc được hưởng lợi 19,5 tỷ đồng.
Bị cáo buộc tội nhận hối lộ, khai tại tòa, bị cáo Đào Thị Nga (cựu cán bộ Chi cục thuế quận 1) cho biết đã nhận từ Lưu Thị Ngát 776 triệu đồng còn Ngô Huỳnh Lũy (cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 5) khai nhận 497 triệu đồng. Các bị cáo này đều khai nhận sau khi nhận tiền thì báo trước cho Ngát nếu có kiểm tra thuế các Công ty “ma” hoặc báo Ngát chuyển địa bàn khác.
Cáo trạng xác định, từ năm 2017 đến năm 2019, Trịnh Tiến Dũng đã chỉ đạo thành lập nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để lập hồ sơ, xuất nhập khẩu hàng hóa. Tại Mỹ, Campuchia, Malaysia và UAE, Dũng đã thành lập, sử dụng 13 pháp nhân để ký các hợp đồng xuất nhập khẩu, giao nhận hàng hóa.
Từ tháng 2/2018 đến tháng 6/2019, Trịnh Tiến Dũng chỉ đạo các thuộc cấp móc nối với các nghi phạm tại Thuduc House để lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài để bán hàng hóa linh kiện điện tử cho các đối tác. Tổng giá trị các lô hàng xuất khẩu là hơn 158 triệu USD (hơn 3.600 tỷ đồng), thuế VAT hàng xuất khẩu bằng 0%.
Để hợp thức hóa đầu vào, Thuduc House đã lập, ký 334 hợp đồng mua bán linh kiện điện tử trong nước với nhiều công ty với giá trị hơn 4.000 tỉ đồng, trong đó có 10% tiền thuế VAT. Sau đó, công ty này lập 17 bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TP Hồ Chí Minh đề nghị hoàn thuế VAT hơn 365 tỷ đồng.
Khi tiếp nhận hồ sơ, Cục thuế TP Hồ Chí Minh đã ban hành 17 quyết định hoàn thuế VAT cho Thuduc House với tổng số tiền hơn 365 tỷ đồng.
Hiện Trịnh Tiến Dũng hiện đang bỏ trốn, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ra Quyết định truy nã và Thông báo truy nã quốc tế Interpol đối với đối tượng này, tạm đình chỉ điều tra vụ án đối với kẻ cầm đầu vụ án, khi nào bắt được Trịnh Tiến Dũng sẽ phục hồi điều tra và xử lý.
Bắt Tổng giám đốc Công ty Thuduc House 
Truy nã quốc tế đối với Trịnh Tiến Dũng 
