Tờ trình do Bộ trưởng Bộ Nội vụ Phạm Thị Thanh Trà trình bày cho biết, mục tiêu của việc sửa luật nhằm sửa đổi, bổ sung hoàn thiện các quy định về nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Chính phủ; nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và các thành viên Chính phủ, tạo cơ sở pháp lý cho việc đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy hành chính nhà nước hiệu lực, hiệu quả. Đẩy mạnh phân cấp, phân quyền, thúc đẩy Chính phủ kiến tạo phát triển...
Dự thảo luật gồm 5 chương, 32 điều; giảm 2 chương, 18 điều so với luật hiện hành; bảo đảm tính kế thừa và khái quát cao theo yêu cầu đổi mới xây dựng pháp luật của Tổng Bí thư và Quốc hội, bảo đảm ổn định và tuổi thọ lâu dài trong hệ thống pháp luật.
Bộ trưởng Bộ Nội vụ thông tin, dự thảo luật hoàn thiện quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ, trong đó có một số điểm mới sau: Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về các ngành, lĩnh vực. Chính phủ phân công phạm vi quản lý nhà nước cho các bộ, cơ quan ngang bộ; phân cấp thẩm quyền cho Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ theo phạm vi quản lý, bảo đảm phân định rõ trách nhiệm của Bộ trưởng, Thủ trưởng Cơ quan ngang bộ với tư cách thành viên Chính phủ và người đứng đầu bộ, cơ quan ngang bộ.
Chính phủ quyết định các chính sách phát triển ngành, vùng, địa phương, trừ những chính sách thuộc thẩm quyền quyết định của Quốc hội và chính quyền địa phương, bảo đảm phù hợp với chủ trương của Đảng, chiến lược và kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của đất nước trong từng thời kỳ và các mục tiêu, chỉ tiêu, chính sách, nhiệm vụ cơ bản phát triển kinh tế - xã hội đã được Quốc hội thông qua. Đối với những vấn đề đã phân quyền cho chính quyền địa phương thì chính quyền địa phương chủ động quyết định, tổ chức thực hiện và chịu trách nhiệm về kết quả thực hiện nhiệm vụ được phân quyền.
"Dự thảo luật bổ sung và quy định rõ trách nhiệm của Thủ tướng Chính phủ: Với tư cách là người đứng đầu Chính phủ, thay mặt Chính phủ báo cáo công tác của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ trước Quốc hội, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội, Chủ tịch nước; với tư cách là thành viên Chính phủ có trách nhiệm giải trình, trả lời chất vấn của đại biểu Quốc hội; thay mặt Chính phủ hoặc uỷ quyền cho thành viên Chính phủ ký các văn bản của Chính phủ", Bộ trưởng Phạm Thị Thanh Trà cho hay.
Qua thẩm tra, Ủy ban Pháp luật tán thành việc sửa đổi toàn diện Luật Tổ chức Chính phủ với các lý do đã nêu trong Tờ trình của Chính phủ. Tuy nhiên, đề nghị Cơ quan chủ trì soạn thảo tiếp tục rà soát, đối chiếu để bảo đảm đồng bộ về chính sách và tính thống nhất của hệ thống pháp luật.
Cơ quan thẩm tra cũng tán thành với quy định về nguyên tắc phân định thẩm quyền tại Điều 6. Để xử lý các nội dung còn giao thoa về chức năng, nhiệm vụ giữa Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội với Chính phủ theo chỉ đạo của Bộ Chính trị, dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Tổ chức Quốc hội đã bổ sung quy định về những nội dung cần được quy định bằng luật và nghị quyết của Quốc hội, cơ bản đã bảo đảm được yêu cầu "phân định rõ thẩm quyền, trách nhiệm của cơ quan lập pháp, hành pháp..."
Về khoản 5 Điều 6 quy định một trong những nguyên tắc phân định thẩm quyền là bảo đảm Thủ tướng Chính phủ "không quyết định các vấn đề cụ thể thuộc trách nhiệm của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ với tư cách thành viên Chính phủ đối với ngành, lĩnh vực được phân công phụ trách". "Ủy ban Pháp luật nhất trí với việc cần phân định rõ trách nhiệm của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ với tư cách thành viên Chính phủ và tư cách người đứng đầu bộ, cơ quan ngang bộ. Tuy nhiên, quy định nêu trên chưa thực sự rõ và có thể gây ra cách hiểu khác nhau trong áp dụng pháp luật. Do đó, đề nghị nghiên cứu làm rõ hơn để bảo đảm tính phù hợp, khả thi", Chủ nhiệm Uỷ ban Pháp luật Hoàng Thanh Tùng nêu.
Về chủ thể nhận phân cấp, khoản 1 Điều 8 dự thảo luật xác định các chủ thể nhận phân cấp ở địa phương bao gồm: HĐND, UBND, Chủ tịch UBND; trong khi đó, khoản 5 Điều 14 dự thảo Luật Tổ chức Chính quyền địa phương (sửa đổi) quy định: "UBND cấp tỉnh được đề xuất với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ phân cấp cho cơ quan, tổ chức, cá nhân có thẩm quyền ở địa phương thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn phù hợp với khả năng và điều kiện thực tiễn của địa phương", có thể dẫn đến mở rộng phạm vi các chủ thể ở địa phương nhận phân cấp từ Trung ương.
Bên cạnh đó, dự thảo Luật Tổ chức chính quyền địa phương (sửa đổi) quy định một số nội dung về phân cấp, ủy quyền khác với dự thảo Luật Tổ chức Chính phủ (sửa đổi). Do đó, Uỷ ban Pháp luật đề nghị Cơ quan chủ trì soạn thảo tiếp tục rà soát để quy định thống nhất chủ thể nhận phân cấp ở địa phương và các nguyên tắc chung về phân cấp, ủy quyền, bảo đảm thực hiện chủ trương đẩy mạnh phân cấp, phân quyền hợp lý giữa Trung ương và địa phương; các vấn đề cụ thể thuộc phạm vi điều chỉnh của luật khác hoặc những vấn đề cần phải linh hoạt để phù hợp với thực tiễn thì không nên quy định cứng trong 2 luật này mà để pháp luật chuyên ngành và các văn bản dưới luật điều chỉnh...
Sửa đổi Luật Tổ chức Chính phủ: Đẩy mạnh phân cấp, phân quyền 
Thống nhất phương án dự kiến giảm 8 bộ, cơ quan thuộc Chính phủ 
