Tại phiên họp Chính phủ thường kỳ tháng 6/2013, dự thảo Luật Hải quan (sửa đổi) đã nhận được 24 ý kiến góp ý của các thành viên Chính phủ, trong đó tập trung vào các nội dung: Hoạt động hợp tác quốc tế về Hải quan; Địa bàn hoạt động Hải quan; Hệ thống tổ chức; Xác định xuất xứ hàng hóa; Kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập, tái xuất; Kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa mua bán, trao đổi cư dân biên giới; Quy định về miễn khai, miễn kiểm tra hải quan; Kiểm tra, giám sát hải quan đối với ngoại tệ, tiền Việt Nam, vàng, kim khí quý, đá quý của người xuất cảnh, nhập cảnh; Trách nhiệm của thương nhân gia công, sản xuất hàng hóa XK; Quyền hạn và nghĩa vụ của chủ kho ngoại quan, kho bảo thuế, DN kinh doanh địa điểm thu gom hàng lẻ, chủ hàng hóa; Thủ tục hải quan đối với hàng hóa vận chuyển chịu sự giám sát hải quan; Trị giá hải quan; Phạm vi trách nhiệm phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới; Thẩm quyền của cơ quan Hải quan, công chức hải quan trong việc xử lý các hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới. Trong đó, có một số góp ý của Bộ Ngoại giao về hoạt động hợp tác quốc tế về Hải quan; ý kiến của Bộ Công an về phạm vi trách nhiệm phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.
Về địa bàn hoạt động hải quan và thẩm quyền của cơ quan Hải quan, công chức hải quan trong việc xử lý các hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới; Góp ý của Bộ Công Thương về kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập, tái xuất và kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hóa mua bán, trao đổi cư dân biên giới; Góp ý của Ngân hàng Nhà nước về quy định miễn khai, miễn kiểm tra hải quan; Kiểm tra, giám sát hải quan đối với ngoại tệ, tiền Việt Nam, vàng, kim khí quý, đá quý của người xuất cảnh, nhập cảnh.
Tất cả những nội dung trên, đã được Ban soạn thảo Luật Hải quan (sửa đổi) tiếp thu và chỉnh lý dự thảo Luật để trình Thủ tướng Chính phủ trong tháng 8/2013