Thực tế không chỉ có doanh nghiệp mà ngay cả cơ quan hải quan cũng gặp khó khăn vì thủ tục kiểm tra chuyên ngành không phải do Hải quan quy định và hiện nay văn bản liên quan đến kiểm tra chuyên ngành là rất nhiều.
Tính đến tháng 8/2015, cơ quan hải quan đang thực hiện tổng số 265 văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến lĩnh vực quản lý chuyên ngành gồm: 20 luật; 54 nghị định; 191 thông tư, quyết định của các bộ, ngành.
Theo quy định, doanh nghiệp nhập khẩu hàng hóa thuộc diện kiểm tra chuyên ngành phải trải qua 3 khâu chính, gồm: Đăng ký tờ khai hải quan (thuộc trách nhiệm của cơ quan hải quan); Thực hiện kiểm tra chuyên ngành (thuộc trách nhiệm cơ quan quản lý chuyên ngành); Thông quan hàng hóa khi có kết quả kiểm tra chuyên ngành (thuộc trách nhiệm của cơ quan hải quan).
Trong tổng số thời gian tác nghiệp để thông quan hàng hóa, 78% thời gian xử lý thuộc về các bộ, ngành. Còn những khâu thuộc trách nhiệm của hải quan, thời gian xử lý chỉ chiếm 28% và đều đã được điện tử hóa. Hiện Tổng cục Hải quan đã ký kết phối hợp thu nộp ngân sách với 25 ngân hàng thương mại, sắp tới tiếp tục ký với 6 đơn vị mới; Áp dụng mã vạch trong quy trình giám sát hải quan: Thời gian giải quyết chỉ còn 1 phút/tờ khai, giảm thiểu tình trạng ách tắc hàng hóa tại cổng cảng.
Đến nay đã có 9 bộ tham gia cơ chế một cửa quốc gia (NSW), thực hiện 21 thủ tục hành chính trên Cổng thông tin một cửa quốc gia (trừ Bộ Tài chính) trong đó có 18 thủ tục liên quan đến kiểm tra chuyên ngành. Bộ Tài chính cũng được Chính phủ giao chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành xây dựng đề án “Giải pháp nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa xuất nhập khẩu”.
Đề án nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho xuất nhập khẩu hàng hóa tại cửa khẩu của doanh nghiệp theo hướng thủ tục đơn giản, nhanh chóng, thuận tiện; rút ngắn thời gian thông quan hàng hóa. Khi đi vào triển khai trên thực tế, đề án sẽ giúp doanh nghiệp giảm thời gian chờ đợi và chi phí liên quan đến hoạt động kiểm tra chuyên ngành, góp phần bảo hộ sản xuất trong nước, nâng cao năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp.
