Các bị can gồm Đinh Văn Thịnh, Nguyễn Năng Tuân, Nguyễn Hữu Thụ, Nguyễn Năng Tới, Nguyễn Văn Vinh, Trần Văn Tám (đều trú tại xã Hải Bối) cùng bị khởi tố về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Trước đó, cơ quan điều tra đã khởi tố 7 bị can khác, trong đó có Chủ tịch UBND xã Hải Bối là ông Nguyễn Quốc Sơn; Bí thư Đảng ủy xã Hải Bối là ông Lê Tư Sáu và ông Đoàn Tô Hải cùng một số cán bộ khác. Như vậy, cho đến nay, cơ quan điều tra đã khởi tố 13 bị can trong vụ án này.
Theo cơ quan điều tra, trung tuần tháng 8/2002, phục vụ việc xây dựng hệ thống thoát nước mưa cho dự án phát triển cơ sở hạ tầng đô thị Bắc Thăng Long - Vân Trì, UBND TP Hà Nội quyết định thu hồi hơn 700.000m2 đất tại các xã: Hải Bối, Vĩnh Ngọc, Kim Nỗ, Đại Mạch và Võng La (thuộc huyện Đông Anh). Trong số đất cần thu hồi nêu trên, xã Hải Bối có phần đất dự án cắt qua đất thổ cư của hai thôn Hải Bối và Cổ Điển, với 47 hộ dân nằm trong diện đền bù giải phóng mặt bằng (GPMB).
Theo quy định của UBND TP Hà Nội thì loại đất này chỉ được duyệt hỗ trợ với mức giá 35 ngàn đồng/m2. Tuy nhiên, các hộ dân trong diện GPMB ở các thôn Cổ Điển và Hải Bối (xã Hải Bối - Đông Anh) đã không thống nhất mức giá đền bù nêu trên, không giao mặt bằng và không nhận tiền đền bù.
Trước tình hình đó, thực hiện dự án giai đoạn 2, UBND xã Hải Bối do ông Nguyễn Quốc Sơn làm Chủ tịch, cùng thành viên Hội đồng GPMB huyện Đông Anh và Chủ tịch Hội đồng bồi thường GPMB xã Hải Bối đã xác định lại nguồn gốc đất của 47 hộ nằm trong diện GPMB từ đất tự quản lý thuộc đất nông nghiệp thành đất ở ổn định trước ngày 15/10/1993, và theo quy định của UBND TP Hà Nội thì loại đất này sẽ được đền bù với mức giá cao hơn rất nhiều, là 2,58 triệu đồng/m2. Các bị can đã xác nhận cho 47 trường hợp có diện tích đất trong diện GPMB thuộc loại đất tự quản lý thuộc đất nông nghiệp thành đất sử dụng ổn định trước ngày 15/10/1993, được Hội đồng GPMB và UBND huyện Đông Anh phê duyệt mức giá đền bù GPMB cho họ là 2,58 triệu đồng/m2, với tổng diện tích đất thu hồi là 5.536m2.
Cơ quan điều tra xác định ông Đinh Văn Thịnh tại thời điểm năm 2006 - 2007 chỉ là Xã đội trưởng nhưng đã lấy danh nghĩa Chủ tịch UBND xã Hải Bối vào năm 1994 - 1996 để ký xác nhận giấy chia đất sai sự thật cho 7 hộ chia tách thành 23 thửa đất để được hưởng thêm đất tái định cư.
Các bị can còn lại đều có hành vi nhờ Nguyễn Quốc Sơn và Lê Tư Sáu ký xác nhận về các thửa đất và chia tách đất để được hưởng quyền mua đất tái định cư... Việc làm của các bị can đã xác định sai nguồn gốc đất và tự ý nâng giá hỗ trợ đất dự án để đem lại lợi ích cho một số người ở xã Hải Bối, nhưng lại gây thiệt hại cho Nhà nước khoảng 14 tỉ đồng