Theo cáo trạng, từ năm 2001-2002, bị cáo Dương Tự Trọng (khi đó là Trưởng phòng CSĐT tội phạm về TTXH, Công an TP Hải Phòng) có quan hệ thân thiết với Đồng Xuân Phong, cán bộ Đội Chống buôn lậu - Cục Hải quan TP Hải Phòng. Ngày 18/8/2009, cơ quan CSĐT, Công an TP Hồ Chí Minh ra quyết định khởi tố bị can và ra lệnh bắt tạm giam Đồng Xuân Phong về tội "Buôn lậu". Do Phong bỏ trốn, ngày 16/10/2009, Cơ quan CSĐT Công an TP Hồ Chí Minh ra quyết định truy nã toàn quốc đối với Phong.
Ngoài việc gửi quyết định, Công an TP Hồ Chí Minh còn cử cán bộ trực tiếp phối hợp với Công an TP Hải Phòng để truy bắt Đồng Xuân Phong nhưng không bắt được (mặc dù thời gian này Phong thường xuyên lẩn trốn tại địa bàn Hải Phòng).
Ngày 22/4/2011, Phòng Cảnh sát truy nã tội phạm, Công an TP Hải Phòng báo cáo việc rà soát đối tượng truy nã có hộ khẩu thường trú tại Hải Phòng (trong đó có Đồng Xuân Phong) gửi đến Dương Tự Trọng (khi đó là Phó Giám đốc, Thủ trưởng Cơ quan CSĐT, Công an TP Hải Phòng) nhưng Dương Tự Trọng không có ý kiến chỉ đạo, cũng không tổ chức triển khai lực lượng tiến hành truy bắt theo chức năng, nhiệm vụ được giao mặc dù từ năm 2010, Trọng đã biết rõ Phong bị Công an TP Hồ Chí Minh truy nã vì có liên quan đến vụ án kinh tế.
Ngày 17/5/2012, sau khi nhận được thông báo của ông Dương Chí Dũng (là anh trai Dương Tự Trọng) về việc đang bị Cơ quan CSĐT Bộ Công an khởi tố bị can và ra lệnh bắt tạm giam, bị cáo Trọng hướng dẫn Dũng về nhà bạn gái của Trọng để trốn và chờ người của Trọng đến đón. Sau đó, ngày 18/5/2012, bị cáo Dương Tự Trọng yêu cầu Đồng Xuân Phong (đang trốn truy nã tạiHải Phòng) thông qua Vũ Tiến Sơn (khi đó là Phó trưởng Phòng CSĐT tội phạm về TTXH, Công an TP Hải Phòng) phối hợp tổ chức cho ông Dương Chí Dũng trốn ra nước ngoài.
Theo đại diện VKSND TP Hải Phòng, việc truy tố bị cáo theo Khoản 1 Điều 281 là đúng người, đúng tội, đúng pháp luật. Trong thời gian công tác, bị cáo có nhiều thành tích, đã thành khẩn khai báo, gia đình có công với nước nên đề nghị HĐXX xem xét giảm nhẹ.
Sau phần nghị án, HĐXX đã tuyên phạt bị cáo Dương Tự Trọng 15 tháng tù giam. Cộng bản án hình sự phúc thẩm trước đó, tổng hình phạt chung dành cho bị cáo là 17 năm 3 tháng tù giam