Đối với ý kiến đề nghị phát triển điện nói chung cũng như tái khởi động dự án điện hạt nhân để bảo đảm điện cho vận hành dự án này cũng như các dự án đường sắt đô thị, lãnh đạo Bộ GTVT cho biết, trên cơ sở nhu cầu khai thác và kế hoạch tổ chức chạy tàu đề xuất, Tư vấn tính toán sơ bộ nhu cầu tiêu thụ điện của dự án. Chính phủ đã giao các cơ quan liên quan triển khai nghiên cứu phát triển điện hạt nhân bảo đảm cung cấp điện nền cho vận hành đường sắt tốc độ cao.
Liên quan đến ý kiến đề nghị rà soát yêu cầu giải pháp thiết kế công trình đảm bảo thoát lũ, hạn chế tác động gây ngập úng, phía Bộ GTVT cho rằng, trong quá trình lập báo cáo nghiên cứu tiền khả thi, Bộ này đã sơ bộ đánh giá các yếu tố địa hình, địa mạo, địa tầng và các tác động tới môi trường, thoát lũ và đặc biệt là hiệu quả đầu tư để quyết định kết cấu cầu, hầm, nền đường. Trong bước tiếp theo, Bộ GTVT sẽ tiếp tục rà soát để lựa chọn giải pháp thiết kế cho phù hợp, bảo đảm hiệu quả kinh tế kỹ thuật, giảm thiểu tối đa chia cắt cộng đồng và tác động tới thủy văn.
Về phương án hướng tuyến đường sắt tốc độ cao, lãnh đạo Bộ GTVT đã tính đến kết nối với hệ thống đường sắt liên vận quốc tế Á, Âu. Cụ thể, khu vực phía Bắc, từ tổ hợp Ngọc Hồi, ga Thường Tín, tuyến đường sắt tốc độ cao kết nối liên vận quốc tế với Trung Quốc thông qua tuyến Vành đai phía Đông (nối ga Ngọc Hồi với ga Kim Sơn); ga Kim Sơn kết nối tuyến đường sắt Lào Cai-Hà Nội-Hải Phòng đi Hà Khẩu-Trung Quốc và kết nối với ga Yên Thường đi Nam Ninh-Trung Quốc thông qua tuyến Hà Nội-Lạng Sơn. Khu vực miền Trung, tuyến đường sắt tốc độ cao kết nối liên vận quốc tế với Lào tại ga Vũng Áng thông qua tuyến Mụ Giạ-Vũng Áng-Vientiane (Lào). Khu vực miền Nam, đường sắt tốc độ cao kết nối vào ga Trảng Bom thông qua tuyến nhánh, từ ga Trảng Bom đã quy hoạch tuyến đường sắt kết nối với ga An Bình để đi Campuchia qua tuyến đường sắt TP Hồ Chí Minh-Lộc Ninh và tuyến đường sắt TP Hồ Chí Minh-Mộc Bài.
Đối với tuyến đường sắt hiện hữu khổ 1.000mm, Bộ GTVT khẳng định sẽ tiếp tục được cải tạo, nâng cấp để vận chuyển hàng hóa nặng, hàng rời, hàng lỏng và vận tải hành khách cự ly phù hợp, kinh phí đầu tư tuyến đường sắt hiện hữu không tính vào tổng mức đầu tư của dự án xây dựng tuyến đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc-Nam.
Lo ngại đội vốn, chậm tiến độ khi thực hiện dự án đường sắt tốc độ cao 
Đường sắt tốc độ cao trục Bắc- Nam: Rà soát, tính toán thận trọng để phát huy hiệu quả kinh tế 
