Liên quan đến việc Bộ chỉ cho phép xét tuyển, mà trường lại tổ chức thi tuyển, ĐH Phan Châu Trinh "giải trình" như sau: Ngày 7/11/2007, Bộ mới giao 700 chỉ tiêu cho trường đào tạo trình độ ĐH theo hình thức xét tuyển. Nhưng thời điểm đó, đã quá xa kỳ tuyển sinh năm 2007 và các đợt xét tuyển. Mặt khác, suốt trong 2 tháng 10 và 11, các tỉnh miền Trung và nhất là Quảng Nam đã phải gánh chịu liên tiếp những trận lũ lụt rất nặng nề. Nhà trường đã thông báo và có hơn 1.200 thí sinh dự tuyển, nhưng trong đó có nhiều em rơi vào hoàn cảnh trôi nhà cửa, sách vở, bằng tốt nghiệp, giấy báo điểm, chỉ còn cách lấy giấy xác nhận của địa phương.
Không thể vô cảm trước hoàn cảnh đó, là trường ĐH trực tiếp đào tạo nguồn nhân lực cho địa phương, lãnh đạo trường đã xin ý kiến chỉ đạo của UBND tỉnh Quảng Nam, tỉnh đã yêu cầu để đảm bảo chất lượng đầu vào, trường cần tổ chức ôn tập miễn phí cho thí sinh và tổ chức thi tuyển.
Đó là "giải trình" của ĐH Phan Châu Trinh. Theo chúng tôi, dù có những lí do khách quan, nhưng chắc chắn không thể vin vào lý do đó để tự ý tổ chức thi tuyển khi chưa được Bộ cho phép.
Thêm nữa, sai lầm đáng tiếc ở ĐH Phan Châu Trinh là đã bất chấp kỷ cương, tổ chức chấm thi vi phạm nhiều quy chế, tự ý nới rộng điểm ưu tiên khu vực, làm sai lệch hồ sơ, khiến nhiều thí sinh không trúng tuyển thành trúng tuyển...