Đồng thời, Bộ Kế hoạch và Đầu tư căn cứ Nghị quyết số 9/NQ-TW ngày 9/2/2007 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa X về Chiến lược biển đến năm 2020 và kết quả triển khai thực hiện xây dựng, phát triển các KKT thời gian qua nghiên cứu, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, điều chỉnh "Quy hoạch phát triển các KKT ven biển Việt Nam đến năm 2020" tại Quyết định số 1353/QĐ-TTg ngày 23/9/2008 cho phù hợp với định hướng phát triển kinh tế - xã hội đất nước giai đoạn tới.
Trên cơ sở báo cáo, đề xuất của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý cho thành lập và bổ sung 3 KKT ven biển vào "Quy hoạch phát triển các KKT ven biển Việt Nam đến năm 2020" bao gồm: KKT Đông Nam, tỉnh Quảng Trị; KKT ven biển Thái Bình và KKT Ninh Cơ, tỉnh Nam Định. Bộ Kế hoạch và Đầu tư căn cứ Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ về Đề án thành lập KTT ven biển của địa phương để thẩm định các điều kiện, thủ tục thành lập các KKT này, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định