Theo Kết luận số 12530/KL-BGTVT, thanh tra Bộ GTVT nhận được đơn thư với 4 nội dung tố cáo gồm “cố ý làm trái trong quy định về đầu tư xây dựng Trung tâm Đăng kiểm số 50-05V tại 1143/3B QL1A, phường An Phú Đông, quận 12, TP Hồ Chí Minh…”; “lợi dụng chức vụ, quyền hạn để trục lợi…”; “vi phạm đạo đức lối sống của một đảng viên…”; “trù dập cán bộ cấp dưới…”.
Căn cứ kết quả xác minh nội dung tố cáo, các tài liệu chứng cứ có liên quan, đối chiếu với các quy định của pháp luật, Bộ GTVT đã đưa ra kết luận: Các nội dung tố cáo nêu trên là chưa có cơ sở. Cụ thể, về nội dung tố cáo ông Trịnh Ngọc Giao nhận tiền của phó giám đốc, kế toán trưởng khi được bổ nhiệm; nhận 10.000 USD trước khi ký quyết định và 5.000 USD sau khi bổ nhiệm, đoàn thanh tra căn cứ vào các hồ sơ, tài liệu, các biên bản làm việc và phân tích, xác định băng ghi âm chỉ là tài liệu tham khảo, tài liệu nghe lại (người tố cáo nghe một người bạn kể rồi ghi lại) không có các chứng minh, tài liệu chưa được chuyển hóa thành chứng cứ pháp lý, nên băng ghi âm không coi là chứng cứ và không có giá trị chứng minh hành vi vi phạm.
Liên quan đến nội dung tố cáo ông Trịnh Ngọc Giao tiếp nhận ông Nguyễn Thành Đô vào làm việc tại Trung tâm Đăng kiểm xe cơ giới số 50-06V, đoàn thanh tra cho là có cơ sở. Tuy nhiên, đoàn thành tra cũng khẳng định, việc tiếp nhận ông Nguyễn Thành Đô vào làm việc là thẩm quyền của Cục trưởng Cục Đăng kiểm Việt Nam…
Ông Nguyễn Văn Huyện, Chánh Thanh tra Bộ GTVT đã ký văn bản yêu cầu Cục Đăng kiểm Việt Nam tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với tổ chức, cá nhân có liên quan do có thiếu sót, kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với người tố cáo vì tố cáo vượt cấp đến các đồng chí lãnh đạo Chính phủ, Quốc hội và các bộ, ban, ngành do có 4 nội dung tố cáo không có cơ sở và nội dung tố cáo ông Trịnh Ngọc Giao có “bồ nhí” là không đúng