Trước khi phiên toà chuyển sang phần tranh luận, đại diện Viện KSND TP Hà Nội thực hành quyền công tố tại phiên toà đã luận tội các bị cáo và đề nghị HĐXX áp dụng các hình phạt nghiêm khắc đối với từng bị cáo.
Đại diện Viện KSND TP Hà Nội khẳng định, cáo trạng truy tố các bị cáo về tội “Vi phạm quy định về hoạt động ngân hàng, hoạt động khác liên quan đến hoạt động ngân hàng”, theo quy định tại Điều 206 BLHS là đúng pháp luật. Từ đó, đại diện Viện kiểm sát đề nghị HĐXX tuyên phạt bị cáo Trần Phương Bình từ 14 đến 15 năm tù.
Tổng hợp hình phạt với hai bản án tù chung thân trong vụ án Phan Văn Anh Vũ và đồng phạm có hành vi chiếm đoạt, làm thất thoát tiền của Ngân hàng Đông Á, và vụ thất thoát hơn 8.000 tỷ đồng của Ngân hàng Đông Á, đại diện Viện kiểm sát đề nghị HĐXX xử phạt bị cáo Trần Phương Bình hình phạt chung là tù chung thân.
Bị cáo Nguyễn Thị Kim Xuyến (cựu Phó Tổng Giám đốc Ngân hàng Đông Á) bị đề nghị tuyên phạt từ 14 năm tù đến 15 năm tù về tội “Vi phạm quy định về hoạt động ngân hàng, hoạt động khác liên quan đến hoạt động ngân hàng”. Tổng hợp hình phạt 30 năm tù về tội “Lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản” và tội “Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng” của bản án trước, bị cáo Nguyễn Thị Kim Xuyến bị đề nghị hình phạt chung là 30 năm tù.
Trong phiên tòa này, hai bị cáo Trần Phương Bình và Nguyễn Thị Kim Xuyến đều có đơn xin xét xử vắng mặt với lý do sức khỏe và được HĐXX chấp nhận. Trong các biên bản hỏi cung được thẩm phán Trần Thị Tâm (Chủ tọa phiên tòa) công bố tại phiên xử, cả hai bị cáo đều thừa nhận hành vi vi phạm như cáo buộc của Viện kiểm sát và mong muốn được HĐXX cho hưởng sự khoan hồng của pháp luật với mức án thấp để sớm có cơ hội trở về với gia đình, cộng đồng và xã hội.
Cũng tội danh trên, bị cáo Phan Thúy Mai, cựu Giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư và du lịch An Phát (viết tắt là Công ty An Phát) bị Viện kiểm sát đề nghị mức án từ 7-8 năm tù. Tổng hợp hình phạt với bản án 16 năm tù vì có hành vi chiếm đoạt hai đất nền biệt thự trị giá hơn 30 tỷ đồng của chính Công ty An Phát để mang đi cầm cố lấy tiền chi tiêu cá nhân, đại diện Viện kiểm sát đề nghị bị cáo Phan Thuý Mai phải chấp hành hình phạt chung từ 23-24 năm tù.
7 bị cáo còn lại là cựu cán bộ của Ngân hàng Đông Á tuỳ theo mức độ phạm tội mà bị đại diện Viện kiểm sát đề nghị HĐXX áp dụng mức án từ 2 năm tù, cho hưởng án treo đến 9 năm tù giam.
Về trách nhiệm dân sự, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị HĐXX tuyên buộc Công ty An Phát phải bồi thường cho Ngân hàng Đông Á số tiền 108 tỷ đồng, các bị cáo phải liên đới bồi thường 76 tỷ đồng còn lại trong tổng thiệt hại vụ án được xác định là gần 185 tỷ đồng. Đại diện Viện Kiểm sát cũng đề nghị HĐXX tuyên trả lại 123 Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất của Công ty An Phát bị các bị cáo sử dụng làm tài sản đảm bảo trong các hợp đồng vay vốn trái pháp luật.
Bản luận tội của đại diện Viện Kiểm sát nêu rõ, trong vụ án này, bị cáo Trần Phương Bình với tư cách là Tổng Giám đốc Ngân hàng Đông Á và bị cáo Nguyễn Thị Kim Xuyến với tư cách là Phó Tổng Giám đốc Ngân hàng Đông Á, là người chịu trách nhiệm chính đã phê duyệt trái pháp luật các khoản tín dụng để Ngân hàng Đông Á Chi nhánh Hà Nội giải ngân cho Công ty An Phát. Ngoài ra do có quan hệ thân thiết, bị cáo Trần Phương Bình và bị cáo Nguyễn Thị Kim Xuyến đã chỉ đạo các nhân viên Ngân hàng Đông Á Chi nhánh Hà Nội phải thực hiện giải ngân bỏ qua các quy trình thẩm định, không thực hiện đúng các thủ tục giao dịch đảm bảo để Công ty An Phát được giải ngân các khoản tín dụng rất lớn. Do đó, hành vi của các bị cáo là đặc biệt nguy hiểm, gây thiệt hại số tiền đặc biệt lớn cho ngân hàng.
Trong phần thẩm vấn công khai tại tòa trước đó, bốn bị cáo là cựu cán bộ nhân viên Ngân hàng Đông Á Chi nhánh Hà Nội gồm: Nguyễn Thị Ngọc Anh, Võ Thị Bạch Hương, Nguyễn Minh Hoàng, Nguyễn Thị Phương đều thừa nhận hành vi sai phạm, nhưng cho rằng mình không nhận thức được đó là vi phạm pháp luật và không được hưởng lợi ích vật chất. Vì thế đại diện Viện Kiểm sát đề nghị HĐXX miễn trách nhiệm bồi thường thiệt hại cho 4 bị cáo này.
Đối với bị cáo Phan Thúy Mai (cựu Giám đốc Công ty An Phát), đại diện Viện Kiểm sát xác định, bị cáo Phan Thuý Mai đã sử dụng các tài liệu giả chữ ký của các cổ đông để thế chấp tài sản, không có sự đồng ý của các cổ đông. Bị cáo Phan Thuý Mai lợi dụng mối quan hệ thân thiết với bị cáo Trần Phương Bình và bị cáo Nguyễn Thị Kim Xuyến, từ đó vận động để bị cáo Trần Phương Bình và bị cáo Nguyễn Thị Kim Xuyến chỉ đạo Ngân hàng Đông Á Chi nhánh Hà Nội giải ngân nhanh, sai quy định.
Dù tại phiên tòa, bị cáo Phan Thuý Mai không thừa nhận hành vi vi phạm pháp luật. Tuy nhiên, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, bị cáo Phan Thuý Mai đã sử dụng 108 tỷ đồng vay được từ Ngân hàng Đông Á Chi nhánh Hà Nội để chi hoạt động Công ty An Phát.
Tham dự phiên toà, đại diện Công ty An Phát xin bồi thường đầy đủ số tiền trên để tiếp tục thực hiện hoạt động kinh doanh, đầu tư đang bị ngưng trệ. Trong vụ án này, Công ty An Phát được cơ quan tố tụng xác định là người có quyền lợi nghĩa vụ liên quan.
Bốn vụ án ngàn tỷ liên quan cựu Tổng Giám đốc Ngân hàng Đông Á 
