Cuối năm 2013, Viện KSND tối cao hoàn tất cáo trạng truy tố bị can trong vụ án gây thiệt hại lớn về kinh tế xảy ra tại Ngân hàng ACB và một số đơn vị ở TP Hà Nội, TP Hồ Chí Minh, đồng thời truy tố ra trước Tòa án nhân dân (TAND) TP Hà Nội 7 bị can, gây thiệt hại trong vụ án này là 1695,6 tỉ đồng. Sau khi tiếp nhận hồ sơ, ngày 3/1/2014, TAND thành phố Hà Nội đã có quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung về hành vi của ông Phạm Trung Cang và Huỳnh Quang Tuấn có dấu hiệu cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng.
Trong giai đoạn điều tra, ông Phạm Trung Cang bị khởi tố nhưng sau đó được đình chỉ điều tra. Qua xem xét yêu cầu của TAND thành phố Hà Nội, Viện KSND tối cao đã phục hồi điều tra đối với ông Cang, đồng thời, cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an cũng đã khởi tố bị can và đề nghị truy tố đối với ông Huỳnh Quang Tuấn.
Hành vi vi phạm của bị can Phạm Trung Cang được xác định ngày 22/3/2010, Ngân hàng ACB tổ chức cuộc họp của thường trực HĐQT trong đó có ông Nguyễn Đức Kiên, Phó Chủ tịch Hội đồng sáng lập Ngân hàng ACB cùng Huỳnh Quang Tuấn và một số thành viên trong HĐQT của Ngân hàng ACB, để bàn phương án sử dụng nguồn vốn giảm tồn đọng của Ngân hàng này. Tại cuộc họp, ông Lý Xuân Hải, Tổng Giám đốc Ngân hàng ACB, đã đề xuất phương án cho nhân viên Ngân hàng ACB mang tiền của Ngân hàng này đi gửi vào các ngân hàng khác, nhằm mục đích vừa nhận được lãi suất tiền gửi vừa được nhận thêm hoa hồng khuyến mãi theo quy định của từng ngân hàng nhận tiền gửi. Đề xuất này đã được ông Cang và các thành viên trong HĐQT thống nhất và ký vào biên bản. Với chủ trương nói trên, Ngân hàng ACB thực hiện theo nghị quyết này. Qua đó, Ngân hàng ACB đã tiếp tục ủy thác cho 19 nhân viên Ngân hàng này gửi 718,908 tỉ đồng, thời hạn gửi tiền từ 3 tháng đến 6 tháng với lãi suất 3,7% đến 13%/năm, đã bị Huỳnh Thị Huyền Như, nguyên quyền Trưởng phòng giao dịch Điện Biên Phủ thuộc Ngân hàng VietinBank chi nhánh TP Hồ Chí Minh, chiếm đoạt, gây thiệt hại cho Ngân hàng ACB hơn 718 tỉ đồng. Cáo trạng xác định, ngày 31/12/2010, ông Phạm Trung Cang đã có đơn xin từ nhiệm thôi giữ chức danh Thường trực HĐQT Ngân hàng ACB và đã được chấp thuận, nhưng ông Phạm Trung Cang không có kiến nghị hủy bỏ chủ trương ủy thác cho nhân viên gửi tiền vào ngân hàng khác để hưởng lãi xuất cao là vi phạm Luật các Tổ chức tín dụng. Đến ngày 24/1/2011, Ngân hàng ACB đã quyết định bổ sung thành viên HĐQT thay thế ông Cang là ông Huỳnh Quang Tuấn. Tuy nhiên, cơ quan tố tụng xác định ông Cang vẫn phải liên đới chịu trách nhiệm với chủ trương ủy thác nói trên.
Bên cạnh đó, ông Phạm Trung Cang còn có hành vi thống nhất ban hành chủ trương mua cổ phiếu trên thị trường chứng khoán trái quy định cùng các bị can khác trong vụ án gây thiệt hại lớn cho Ngân hàng ACB.
Đối với bị can Huỳnh Quang Tuấn, cáo trạng thể hiện bị can này với tư cách là thành viên HĐQT, Phó Tổng Giám đốc Ngân hàng ACB, được tham gia cuộc họp của Thường trực HĐQT Ngân hàng ACB vào ngày 22/3/2010 và đã đồng tình về chủ trương ủy thác cho nhân viên gửi tiền vào Ngân hàng khác để hưởng lãi xuất cao là trái quy định của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam về trần lãi suất, đã gây thiệt hại cho Ngân hàng ACB số tiền hơn 718 tỉ đồng. Do đó, ông Huỳnh Quang Tuấn phải liên đới chịu trách nhiệm về khoản thiệt hại này. Việc ông Huỳnh Quang Tuấn tiếp tục nhiệm vụ của ông Phạm Trung Cang đương nhiên là người thực hiện chủ trương ủy thác cho nhân viên gửi tiền. Do vậy phải chịu trách nhiệm hình sự với vai trò đồng phạm trong nhóm bị can bị truy tố về tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng
