Theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra (UBKT) Tỉnh ủy Phú Yên sau một cuộc kiểm tra dấu hiệu vi phạm của đảng viên, trong năm 2011, khi còn đảm nhiệm chức vụ Phó Giám đốc Sở Nội vụ Phú Yên, ông Nguyễn Ngọc Bảo thiếu gương mẫu trong sinh hoạt tại địa phương, có lời nói, hành động xúc phạm người khác, ảnh hưởng xấu tư cách đảng viên, nên đã bị kỷ luật đảng bằng hình thức khiển trách.
Từ thời điểm này và sau khi được điều động, phân công giữ chức vụ Phó Giám đốc Sở Tư pháp Phú Yên, ông Nguyễn Ngọc Bảo tiếp tục vi phạm Quy định số 101-QĐ/TW ngày 7/6/2012 của Ban Bí thư Trung ương Đảng về “Trách nhiệm nêu gương của cán bộ đảng viên, nhất là cán bộ lãnh đạo chủ chốt các cấp”. Ngoài việc cùng với vợ vay mượn tiền của nhiều người nhưng dây dưa treo nợ nhiều năm, bên cho vay không chỉ vào nhà riêng hành hung mà còn đến cơ quan gây sự, ảnh hưởng xấu phẩm chất cán bộ, đảng viên.
Bê bối hơn nữa là trong thời gian làm Phó Giám đốc Sở Nội vụ, Phó Giám đốc Sở Tư pháp Phú Yên, ông Nguyễn Ngọc Bảo đã cùng với vợ, cháu ruột và một số người thân dàn dựng đường dây xin việc làm để lừa đảo, nhận tiền lót tay. Trong số hàng chục người sập bẫy lừa xin việc làm, UBKT Tỉnh ủy Phú Yên đã làm rõ ba trường hợp bị ông Bảo chiếm đoạt 103 triệu đồng.
Do hành vi của ông Nguyễn Ngọc Bảo có dấu hiệu tội phạm lừa đảo chiếm đoạt tài sản theo quy định tại Điều 139 BLHS, vi phạm Điều 12 Quy định 47-QĐ/TW ngày 1/11/2011 của Ban Chấp hành Trung ương Đảng về những điều đảng viên không được làm, nên cuối tháng 10/2013, Ban Thường vụ Tỉnh ủy Phú Yên đã ban hành quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức khai trừ đảng đối với ông Nguyễn Ngọc Bảo, kiến nghị UBND tỉnh Phú Yên xử lý kỷ luật công chức bằng hình thức buộc thôi việc, đồng thời chỉ đạo UBKT Tỉnh ủy Phú Yên chuyến hồ sơ vụ lừa đảo bằng chiêu xin việc làm cho Công an tỉnh Phú Yên đấu tranh, mở rộng điều tra và xử lý trách nhiệm hình sự.
Trong lúc chờ xử lý kỷ luật công chức, ngày 16/12/2013, ông Nguyễn Ngọc Bảo cầm cây gỗ đánh ông Huỳnh Xuân Phước, 64 tuổi, trú ở thôn Phước Mỹ, xã Hòa Bình 1, huyện Tây Hòa khi cản trở không cho ông Phước cùng một số người dân địa phương phát dọn cây xanh ven đường trước nhà ông Bảo để thi công xây dựng đường bê tông nông thôn.
Trao đổi với phóng viên Báo CAND ngày 26/2, Trung tá Đào Danh Lộc - Đội trưởng Đội Cảnh sát hình sự Công an huyện Tây Hòa cho biết, cơ quan này đang lập thủ tục khởi tố bị can Nguyễn Ngọc Bảo về tội cố ý gây thương tích theo yêu cầu của người bị hại