Theo tài liệu của cơ quan điều tra, ngày 10/8/2010, tỉnh Hà Tĩnh đã ra quyết định thu hồi hơn 1 nghìn ha rừng và đất lâm nghiệp thuộc rừng phòng hộ Cẩm Xuyên cho Công ty cao su Hà Tĩnh thuê trồng cây cao su. Trong đó một phần diện tích mà Công ty cao su Hà Tĩnh khảo sát trùng với khu vực trước đó tỉnh Hà Tĩnh cấp giấy chứng nhận đầu tư cho doanh nghiệp Đại Phát nhận khoán trồng rừng nguyên liệu cùng với ban quản lý rừng phòng hộ Cẩm Xuyên nên không thỏa thuận được giá đền bù với doanh nghiệp Đại Phát.
Ông Trần Ngọc Sơn khi đó là Tổng giám đốc Công ty cao su Hà Tĩnh cùng nhân viên đã đến gặp Nguyễn Văn Hà - Giám đốc Công ty Đại Phát và Ngô Đăng Khoa, Trưởng BQL rừng phòng hộ Cẩm Xuyên thống nhất bồi thường cho doanh nghiệp Đại Phát 3,5 tỉ đồng, hỗ trợ ban quản lý rừng phòng hộ Cẩm Xuyên 1,7 tỉ đồng. Riêng Ngô Đăng Khoa yêu cầu 1,7 tỉ đồng phải chuyển vào tài khoản của doanh nghiệp Đại Phát.
Quá trình điều tra, cơ quan công an phát hiện kể từ khi được cấp giấy phép đầu tư đến thời điểm thỏa thuận đền bù với Công ty cao su Hà Tĩnh thì doanh nghiệp Đại Phát chỉ mới đầu tư 116 triệu đồng.
Riêng Ban quản lý rừng phòng hộ Cẩm Xuyên là đơn vị được Nhà nước giao đất, giao rừng để quản lý bảo vệ, khi Nhà nước có chủ trương thu hồi thì không được đền bù.
Nhưng đến 4/2010, Công ty cao su Hà Tĩnh đã chuyển khoản 5,2 tỉ đồng, trong đó 3,5 tỷ đồng là chi phí cơ hội đầu tư và chi phí để công ty bỏ ra làm thủ tục để được cấp giấy chứng nhận đầu tư. Sau khi điều tra cơ quan chức năng đã làm rõ 1,7 tỉ đồng được chia chác cho Ngô Văn Khoa 750 triệu đồng, Trần Ngọc Sơn 350 triệu đồng, Nguyễn Văn Hà 600 triệu đồng. Còn 3,5 tỉ đồng hiện đang được điều tra, làm rõ.
Trước đó, liên quan đến vụ lập hồ sơ khống chiếm đoạt tài sản, Cơ quan điều tra đã thực hiện lệnh bắt tạm giam đối với Nguyễn Văn Hà (43 tuổi) - Giám đốc công ty Đại Phát và Ngô Đăng Khoa (41 tuổi) - nguyên Trưởng ban rừng phòng hộ Cẩm Xuyên về hành vi tham ô tài sản
