Vụ việc xuất phát từ tình trạng khai thác cát, sỏi lòng sông trái phép diễn ra phức tạp trên hầu hết các tuyến giao thông đường thủy, hoạt động khai thác ngày càng tăng về số điểm, phương tiện khai thác, vận chuyển và bến bãi tập kết… Đây là nguyên nhân chính dẫn đến việc biến đổi luồng tàu chạy, sạt lở đất đai, đê điều, công trình thủy lợi, tác động xấu đến môi sinh, môi trưường trên sông, gây bức xúc trong dư luận quần chúng. Thực hiện ý kiến chỉ đạo của lãnh đạo Bộ Công an và công văn của Tổng cục Cảnh sát quản lý hành chính về TTXH, Cục CSGT đường thủy đã chỉ đạo lực lượng trinh sát xây dựng kế hoạch, chủ động các biện pháp nghiệp vụ để nắm tình hình, phát hiện ổ nhóm tổ chức khai thác cát trái phép gây bức xúc trong dư luận quần chúng.
Từ năm 2009 đến nay, trên tuyến sông Hồng, thuộc địa bàn giáp ranh Hà Nội và Hưng Yên, tình hình khai thác cát trái phép diễn ra thường xuyên. Tại địa bàn này, trung bình mỗi ngày có khoảng 20 phương tiện không có đăng ký, đăng kiểm, trọng tải từ 30 đến 200 tấn, thường xuyên khai thác cát trái phép để bơm lên bãi thuộc khu vực huyện Thường Tín và Phú Xuyên. Các đối tượng hoạt động rất tinh vi, luôn tìm cách trốn tránh sự phát hiện của lực lượng Công an. Thời gian hút cát thường vào khoảng từ 5 đến 8h và 16 đến 19h, các tàu đều gắn máy Ipha công suất lớn (18-40 CV). Với giá cát bán trên bãi khoảng từ 10 đến 12 nghìn đồng/m3, giá bán ra ngoài thị trường khoảng từ 20 đến 30 nghìn đồng/m3. Các chủ phương tiện đều phải thông qua các chủ bến bãi để được hút cát, các chủ bến thường ứng trực tiền dầu, tiền ăn, tiền điện…
Bằng các biện pháp nghiệp vụ, Cục CSGT đường thủy xác định, 2 chủ bến là Huyền Hậu và Hải Yến thuộc huyện Thường Tín có nhiều biểu hiện tổ chức khai khác cát trái phép, với khối lượng cát khai thác trái phép rất lớn, từ 5 triệu m3, gây thất thoát cho Nhà nước khoảng 30 tỷ đồng (từ năm 2009 đến nay). Sau khi xin ý kiến của lãnh đạo Bộ Công an và Tổng cục Cảnh sát quản lý hành chính về TTXH, Cục CSGT đường thủy lập án đấu tranh, Trung tá Nguyễn Quốc Đoàn, Phó cục trưởng làm Trưởng ban; Thượng úy Nguyễn Du Phùng, Phó trưởng phòng làm Phó trưởng Ban thường trực.
Cảnh sát giao thông đường thủy kiểm đếm số phương tiện vi phạm.
5h30’ ngày 5/1, trên tuyến sông Hồng thuộc địa phận xã Vạn Điểm, xã Thống Nhất, Cục CSGT đường thủy phối hợp với Phòng CSGT đường thủy và các lực lượng nghiệp vụ của Công an TP Hà Nội phát hiện, kiểm tra 10 phương tiện đường thủy của Hồ Văn Toán, Lê Văn Hưng, Đoàn Thị Quyên, Đoàn Thị Tuyên, Vũ Xuân Sinh, Cao Thị Quỳnh, Vũ Xuân Khanh, Nguyễn Thị Huệ, Đào Thị Huế, Đào Thị Khuể đang hoạt động bơm, hút cát lòng sông trái phép. Trong tổng số phương tiện trên, có 2 phương tiện có giấy chứng nhận đăng ký đang thế chấp ngân hàng, 8 phương tiện không có giấy chứng nhận. Điều đáng chú ý là các chủ phương tiện đều không có bằng thuyền trưởng, trong đó có 2 chủ phương tiện là Vũ Xuân Sinh và Nguyễn Văn Hùng đã bị xử phạt hành chính về hành vi khai thác cát trái phép.
Từ năm 2012 đến khi bị phát hiện, các chủ tàu trên đều khai thác cát trái phép trên lòng sông Hồng và bán cát cho 2 chủ bến bãi Hải Yến và Huyền Hậu. Bến Hải Yến ở thôn Bộ Đầu, xã Thống Nhất, huyện Thường Tín, do Nguyễn Thị Hải Yến (38 tuổi) làm chủ. Yến được phép kinh doanh buôn bán vật liệu xây dựng theo giấy chứng nhận kinh doanh hộ cá thế. Bãi Huyền Hậu ở xã Vạn Điểm (Thường Tín) do Nguyễn Thị Thanh Huyền (37 tuổi) làm chủ. Đầu năm 2010, vợ chồng Huyền đã góp vốn cùng anh Trần Đình Hải mở bến kinh doanh… Các chủ tàu này thực hiện việc hút cát trên khu vực sông Hồng, thuộc địa bàn xã Vạn Điểm, xã Thống Nhất (huyện Thường Tín), khi có sự đồng ý của Yến và Huyền.
Ngày 23/1, Công an TP Hà Nội đã mời Đoàn Intergeo 4 - Tổng cục Địa chất và Khoáng sản kết luật giám định khối lượng cát thực tế tại 2 bến bãi, kết luận tổng khối lượng cát đen của 2 bãi là 109.021m3. Tiến hành xác minh tại Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn TP Hà Nội, Chi cục Quản lý đê điều và PCLB, Phòng Quản lý đê điều, UBND huyện Thường Tín và UBND xã Thống Nhất đều xác định không cấp phép cho tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân nào khai thác cát trên lòng sông Hồng. Căn cứ vào các tài liệu, chứng cứ thu được, cơ quan CSĐT Công an TP Hà Nội xác định, hành vi khai thác cát lòng sông trái phép của 10 chủ phương tiện tàu thủy đã vi phạm các quy định của Nhà nước về khai thác tài nguyên khoáng sản nội thủy (cát). Đường dây này hoạt động trong thời gian dài, có sự câu kết chặt chẽ của chủ bến bãi với các chủ thuyền, hình thành đường dây khai thác cát trái phép có tổ chức, gây thiệt hại nghiêm trọng đến lợi ích của Nhà nước.
Ngày 26/2, cơ quan CSĐT đã ra lệnh bắt tạm giam đối với 7 bị can, gồm Nguyễn Thị Hải Yến, Nguyễn Thị Thanh Huyền, Hồ Văn Toán, Lê Văn Hưng, Đoàn Thị Quyên, Đoàn Thị Tuyên, Vũ Xuân Sinh. 4 đối tượng còn lại, cơ quan CSĐT Công an TP đang xem xét xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật. Việc phát hiện và xử lý các đối tượng trên đã nhận được sự quan tâm, đồng tình ủng hộ của các tầng lớp nhân dân, nhất là khu vực huyện Thường Tín, Phú Xuyên và các huyện giáp ranh thuộc tỉnh Hưng Yên.
Trong thời gian tới, Công an TP Hà Nội sẽ tham mưu, đề xuất UBND TP sớm tổ chức đấu giá, khai thác cát trên tuyến sông thuộc địa bàn TP Hà Nội đã được Chính phủ duyệt nhằm quản lý chặt chẽ và chống lãng phí nguồn tài nguyên khoáng sản