Nội dung quản lý Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau tập trung vào việc quản lý tổng thể nhằm hướng đến mục tiêu điều hòa các mối quan hệ giữa con người và môi trường để đảm bảo sự cân bằng của hệ sinh thái nhân văn trong phạm vi Khu sinh quyển; phát triển kinh tế - xã hội kết hợp bảo vệ môi trường và bảo tồn hệ sinh thái, đa dạng sinh học.